原文:【數據庫】本地KEGG數據庫如何拆分子庫?

目錄 KEGG本地庫文件 按物種拆分KEGG數據庫 .獲得物種分類信息 .獲得物種分類的序列信息並建庫 .獲得物種分類的K ko對應文件 根據相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注釋無非是用比對工具將輸入序列比對到數據庫序列,再將輸入ID對應數據庫ID,進一步對應到功能條目的關系。 數據庫要么建到本地,要么聯網調用API,一般的軟件或包做注釋都是通過聯網來獲得,或者調用依賴的一些專門注釋的包 ...

2020-09-25 22:55 0 506 推薦指數:

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KEGG數據庫

參考:KEGG數據庫中文教程 - 博奧 &【學習筆記】KEGG數據庫 - 微信 學習一個技能最主要的事情你必須知道,那就是能通過它來做什么? KEGG數據庫里面有什么? 如何查詢某一特定的代謝途徑(pathway)的信息,例如Glycolysis ...

Mon Dec 26 19:08:00 CST 2016 0 4000
KEGG數據庫介紹

1、KEGG簡介 KEGG 數據庫於 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前發展為一個綜合性數據庫,其中最核心的為 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 數據庫。在 KEGG ORTHOLOGY 數據庫中,將行使相同功能 ...

Wed Sep 12 19:13:00 CST 2018 0 2257
如何構建自己的KEGG數據庫

本文轉自Y叔公眾號 自己KEGG數據庫好處: 可重復性好 沒網也可以進行分析 步驟 1 在KEGG官網找到自己物種的3字符縮寫 2 加載Y叔獲取kegg.db 的R包 3 下載所需要物種的KEGG.db 4 測試本地的包 ...

Sat Dec 28 00:19:00 CST 2019 0 1146
KEGG 數據庫本地化(enrichKEGG)

在使用clusterProfiler時,KEGG注釋包,可以自定義。畢竟許多物種的數據庫是不完善的。現在就自定義一個KEGG.db的包,用於KEGG注釋。 第一步,先去上述官方地址找到自己研究的物種在KEGG數據里的3字符縮寫,比如:人的縮寫是hsa #安裝Y叔的包, #安裝創建KEGG數據庫 ...

Wed Apr 13 01:34:00 CST 2022 0 2788
數據庫本地NR數據庫如何按物種拆分

目錄 1.准備本地數據庫文件 1.1 NR下載 1.2 Taxonomy數據庫下載 2.按物種拆分NR 2.1 第一步:獲得Aceesson和分類物種的對應關系 2.2 第二步:獲得分類物種的序列 ...

Sun Sep 27 04:27:00 CST 2020 0 1112
KEGG orthology (KO) 數據庫簡介

KEGG, 簡稱京都基因組百科全書,包含了許多的數據庫,對於研究基因功能來說,KEGG orthology 數據庫是最基本的一個數據庫KEGG Orthology 簡稱KO, 對於每個功能已知的基因,會把和其同源的基因所有基因都歸為一類,就是每一個KO, 並賦予一個K number ...

Fri Mar 24 00:20:00 CST 2017 0 7239
數據庫表的拆分

將存放在同一個數據庫中的數據分散存放到多個數據庫上,實現分布存儲,通過路由規則路由訪問特定的數據庫這樣一來每次訪問面對的就不是單台服務器了,而是N台服務器,這樣就可以降低單台機器的負載壓力。sqlserver 2005版本之后,可以友好的支持“表分區”。   垂直(縱向)拆分:是指 ...

Thu Apr 16 22:33:00 CST 2020 0 672
數據庫拆分案例

杭州湖畔網絡技術有限公司是一家專業提供SaaS化電商ERP服務的創業公司,主要用戶群體為經營淘寶、天貓、京東等主流電商平台、自建商城、線下渠道的商家及中小企業。作為SaaS服務提供商,服務數萬乃至數十萬級用戶是業務架構初期就必須考慮的問題。龐大的用戶群以及海量的用戶數據意味着基礎設施的構建必須兼顧 ...

Tue Feb 21 04:22:00 CST 2017 0 2597
 
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