admixture 群體結構分析
tructure是與PCA、進化樹相似的方法，就是利用分子標記的基因型信息對一組樣本進行分類，分子標記可以是SNP、indel、SSR。相比於PCA，進化樹，群體結構分析可明確各個群之間是否存在交流及交流程度 1 軟件安裝 2 簡單使用 第一步：將VCF變為plink格式 ...
原文：使用ADMIXTURE估計個體的祖先成分
ADMIXTURE 是常用的群體遺傳學分析工具，可以估計個體的祖先成分。與 STRUCTURE 相比，它的速度更快。 下面介紹一下它的使用。STRUCTURE 可以輸入 Plink 或者 EIGENSTRAT 格式的數據，這里以 plink 格式的文件為例。 篩選SNP SNP 數量太多，計算會非常慢。可以使用 plink 的 indep pairwise 命令，通過 LD 篩選位點： 尋找最佳k ...
2020-07-26 23:04 0 869 推薦指數：
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