在生信處理流程中,從最初的fastq文件,經過分析處理后,會生成一堆的后續文件,如何在流程中合理的命名呢? 通常在批處理模式中,我們會得到多個樣本*.fastq(或*.fq、*.fastq.gz、*.fq.gz)路徑名文件sample.txt。如下所示: 上述,是一個 ...
最近寫腳本,需要對腳本中函數傳遞的路徑參數進行截取,發現了以下比較好用的方法,記錄下: file dir dir dir my.file.txt 我們可以用 分別替換獲得不同的值: file :拿掉第一條 及其左邊的字串:dir dir dir my.file.txt file :拿掉最后一條 及其左邊的字串:my.file.txt file . :拿掉第一個.及其左邊的字串:file.txt f ...
2020-04-16 21:38 0 1704 推薦指數:
在生信處理流程中,從最初的fastq文件,經過分析處理后,會生成一堆的后續文件,如何在流程中合理的命名呢? 通常在批處理模式中,我們會得到多個樣本*.fastq(或*.fq、*.fastq.gz、*.fq.gz)路徑名文件sample.txt。如下所示: 上述,是一個 ...
文件路徑截取: endswith(): ...
文件路徑截取內容 在文件的讀取、保存操作時可能需要對路徑執行裁剪、拼接,比如獲取一個text文件的目錄位置,返回指定字符串的文件名和擴展名。確定路徑是否包含文件夾擴展名等等。而我們自己寫的方法很多時候,在多語言處理或者截取字符串長度時容易出現問題。這篇主要是梳理System.IO.Path ...
shell腳本讀取指定文件並拼接成指定的版本信息 ...
1.Linux shell 截取字符變量的前8位 實現方法有如下幾種: expr substr “$a” 1 8 echo $a|awk ‘{print substr(,1,8)}’ echo $a|cut -c1-8 echo $ expr ...
截取文件名和后綴 編寫Shell腳本的過程中,經常會和文件名和文件路徑打交道。如果用戶輸入了一個文件的全名(可能包含絕對路徑和文件后綴),如何得到文件的路徑名,文件名,文件后綴這些信息呢。Shell腳本擁有強大的字符串處理能力,如果把文件名當做字符串,我們不難使用cut或sed這樣的工具得到 ...
sed -n '4p' file | cut -d \~ -f 4 4p:第四行 \~:分隔符 4:第四列 ...
截取文件名和后綴 編寫Shell腳本的過程中,經常會和文件名和文件路徑打交道。如果用戶輸入了一個文件的全名(可能包含絕對路徑和文件后綴),如何得到文件的路徑名,文件名,文件后綴這些信息呢。Shell腳本擁有強大的字符串處理能力,如果把文件名當做字符串,我們不難使用cut或sed這樣的工具得到 ...