前言 關於clusterProfiler這個R包就不介紹了,網紅教授宣傳得很成功,功能也比較強大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可視化。簡單總結下用法,以后用時可直接找來用。 首先考慮一個問題:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注釋信息來自哪里? GO的注釋信息 ...
使用clusterProfiler進行GO富集分析原創weixin 最后發布於 : : 閱讀數 收藏展開歡迎關注微信公眾號 生信修煉手冊 clusterProfiler是一個功能強大的R包,同時支持GO和KEGG的富集分析,而且可視化功能非常的優秀,本章主要介紹利用這個R包來進行Gene Ontology的富集分析。 進行GO分析時,需要考慮的一個基礎因素就是基因的GO注釋信息從何處獲取。Bioc ...
2020-03-22 14:53 0 1094 推薦指數:
前言 關於clusterProfiler這個R包就不介紹了,網紅教授宣傳得很成功,功能也比較強大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可視化。簡單總結下用法,以后用時可直接找來用。 首先考慮一個問題:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注釋信息來自哪里? GO的注釋信息 ...
2023年09月01日 log2FC <- log2(rowMeans(TPM[,high.samples])+1) - log2(rowMeans(TPM[,low.sample ...
何為功能富集分析? 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分,即將一堆基因進行分類,而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說,就是把一個基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,並和生物學表型關聯起來。 何為GO和KEGG? 為了解決將基因按照功能進行分類的問題,科學家們開發 ...
GO的主要用途之一是對基因組進行富集分析。例如,給定一組在特定條件下上調的基因,富集分析將使用該基因組的注釋發現哪些GO術語被過度表示(或未充分表示)。 富集分析工具 用戶可以直接從GOC網站的主頁進行濃縮分析。此服務連接到PANTHER分類系統 ...
最近總是有需要單獨對某一個類型的通路進行超幾何分布的p值計算,這里記錄一下python包的計算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法進行富集分析的p值計算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways ...
1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顧名思義,就是注釋信息的中裝站。通過它,能找到了幾乎所有的注釋資源。如果沒有,你還可以根據已有的數據用它提供的函數進行構建。 1. 加載AnnotationHub library(AnnotationHub ...
柱狀圖 讀取數據 轉換term為因子 設置柱子顏色 繪圖(柱狀圖) 繪圖(氣泡圖) ...
基因富集分析是分析基因表達信息的一種方法,富集是指將基因按照先驗知識,也就是基因組注釋信息進行分類。 信號通路是指能將細胞外的分子信號經細胞膜傳入細胞內發揮效應的一系列酶促反應通路。這些細胞外的分子信號(稱為配體,ligand)包括激素、生長因子、細胞因子、神經遞質以及其它小分子 ...