原文:使用GSVA方法計算某基因集在各個樣本的表現

使用GSVA方法計算某基因集在各個樣本的表現 Posted on 年 月 日 文章發表於 年,GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA Seq data同樣是broad 研究生出品,其在 年PNAS發表的gsea已經高達 . 萬的引用了,不過這個GSVA才不到 。 算法細節 算法本身就不是很好理解,並不強求一定要理解透徹,可 ...

2020-01-13 11:15 0 1048 推薦指數:

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GSVA使用

GSVA的簡介 Gene Set Variation Analysis,被稱為基因變異分析,是一種非參數的無監督分析方法,主要用來評估芯片核轉錄組的基因富集結果。主要是通過將基因在不同樣品間的表達量矩陣轉化成基因在樣品間的表達量矩陣,從而來評估不同的代謝通路在不同樣品間是否富集 ...

Mon Jun 17 21:48:00 CST 2019 0 6984
matlab計算樣本

計算14通道得腦電數據嗎,將得出的樣本熵插入Excel表格 a = zeros(1,14); b = a'; for i =1:14 b(i) = SampEn(d1_1(i,1:3000),2,0.2*std(d1_1(i,1:3000))); end ...

Sat Apr 18 21:07:00 CST 2020 0 2084
基因注釋 InterProScan的三種使用方法

InterProScan的三種使用方法 Interproscan,通過蛋白質結構域和功能位點數據庫預測蛋白質功能。是EBI開發的一個集成了蛋白質家族、結構域和功能位點的非冗余數據庫。Interproscan整合了一些使用最普及的一些數據庫,並應用於功能未知的蛋白進行Interpro注釋 ...

Thu Mar 27 00:06:00 CST 2014 0 9261
基因組組裝工具之 SOAPdenovo 使用方法

SOAPdenovo是一個新穎的適用於組裝短reads的方法,能組裝出類似人類基因組大小的de novo草圖。 該軟件特地設計用來組裝Illumina GA short reads,新的版本減少了在圖創建時的內存消耗,解決了contig組裝時的重復區域的問題,增加了scaffold組裝時的覆蓋度 ...

Wed Jun 22 19:01:00 CST 2016 0 10200
甲基化數據QC:使用甲基化數據計算樣本間的相關性

樣本間的相關性,可以反映公司加樣時是否存在重復加樣的錯誤。 下面簡要介紹一下如果利用甲基化數據計算樣本間的相關性 1、提取甲基化探針的snp位點、CpG的beta值 下面用的示例文件是minfi包自帶的。 如果是自己的數據,那么提取甲基化snp位點用的是沒有經過過濾的原始數據 ...

Wed May 27 03:27:00 CST 2020 2 572
GSEA-基因富集分析

Analysis 思路: 使用預定義的基因(通常來自功能注釋或先前實驗的結果),將基因按照在兩類樣本中的差 ...

Thu Aug 30 01:40:00 CST 2018 0 19018
軟件危機表現,原因及解決方法

表現: (1)軟件成本日益增長 (2)開發進度難以控制 (3)軟件質量差 (4)軟件維護困難 原因: (1)用戶需求不明確 (2)缺乏正確的理論指導 (3)軟件規模越來越大 (4)軟件復雜度越來越高 解決方法: 用現代工程的概念,原理,技術和方法進行計算機軟件的開發,管理 ...

Tue Jun 18 03:44:00 CST 2013 0 6112
八種樣本抽樣方法介紹

介紹 你肯定很熟悉以下情況:你下載了一個比較大的數據,並開始分析並建立你的機器學習模型。當加載數據時,你的計算機會爆出"內存不足"錯誤。 即使是最優秀的人也會遇到這種事。這是我們在數據科學中面臨的最大障礙之一,在受計算限制的計算機上處​​理大量數據(並非所有人都擁有 ...

Wed Oct 16 17:24:00 CST 2019 0 1389
 
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