原文:關於SAM和廣義SAM

關於SAM和廣義SAM 不是教程 某些思考先記下來 SAM 終於學會了這個東西誒...... 一部分重要性質 確定一個重要事情,S構造出的SAM的一個重要性質是當且僅當對於S的任意一個后綴,可以從 號節點走到終止狀態。專業的名詞叫做有限狀態自動機。 trans st c 表示的是對於狀態st,如果將st中任意串s加一個c,那么會到達的新狀態new,顯然new是唯一的。假如不唯一那么s一定不屬於同一 ...

2019-12-30 23:02 0 683 推薦指數:

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關於廣義后綴樹(多串SAM)的總結

之前我們給的SAM的例題,基本上是一個串建SAM的就能做的 如果要建多個串的SAM應該怎么做呢 首先看題,bzoj2780 我一開始的想法是SA以前的弄法,把串拼起來,中間加分隔符做SAM 這題確實可以這么做,這樣根據SAM能識別所有子串的性質 而且每個節點都代表了唯一的一個串 每個 ...

Mon May 18 20:03:00 CST 2015 0 2885
SAM格式

SAM是一種序列比對格式標准, 由sanger制定,是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示,當然也可以表示任意的多重比對結果。 不同的軟件,不同的時期,不同的研究方向,都會創建一種或者多種格式標准,當然根據當時的需要,創建符合需求的標准,也是最容易 ...

Thu Oct 25 18:13:00 CST 2012 1 8140
sam

,是一種數字移動網絡,在歐洲、亞洲、非洲和世界大部分地區普遍使用。2. SAM卡(安全存取模塊或安全應用 ...

Thu Jan 20 03:28:00 CST 2022 0 1202
SAM學習筆記

目錄 -1.參考資料 0.定義 1.關於SAM 2.SAM 舉例 3.線性構造 SAM 3.1 endpos 3.2 link 3.3 一些定義&小結 3.4 算法 4.應用 -1. ...

Tue Aug 18 05:23:00 CST 2020 6 408
SAM學習筆記

前(fei)言(hua): 咳咳,既然是學習筆記,那肯定是邊學邊寫的啊,所以會持續更新呀。 SAM是啥子玩意?(在大佬講之前完全聽都沒聽過,但是根據PPT的排布以及講的是字符串主題來看,這應該是“后綴自動機”了(本蒟蒻聽過后綴自動機,僅僅只是聽過,但是SAM這個名字就沒聽 ...

Wed Aug 19 05:15:00 CST 2020 5 232
bam/sam格式說明

SAM輸出的結果中每一行都包括十二項通過Tab分隔(\t),從左到右分別是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一個合適的標記,各個數字分別代表 1 序列是一對序列中的一個 2 比對結果是一個pair-end比對的末端 ...

Fri Apr 08 17:24:00 CST 2016 0 6291
SAM 感性瞎扯

SAM 做題筆記。 這里是 SAM 感性瞎扯。 最近學了后綴自動機(Suffix_Automaton,SAM),深感其巧妙之處,故寫文以記之。 部分文字與圖片來源於 OI-Wiki,hihoCoder 與一些個人博客,鏈接在文章最底端。 在此之前請先了解有關於 SAM 的所有函數 ...

Thu Feb 18 20:37:00 CST 2021 5 141
 
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