原文:如何構建自己的KEGG數據庫

本文轉自Y叔公眾號 自己KEGG數據庫好處: 可重復性好 沒網也可以進行分析 步驟 在KEGG官網找到自己物種的 字符縮寫 加載Y叔獲取kegg.db 的R包 下載所需要物種的KEGG.db 測試本地的包 結束 ...

2019-12-27 16:19 0 1146 推薦指數:

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KEGG數據庫

參考:KEGG數據庫中文教程 - 博奧 &【學習筆記】KEGG數據庫 - 微信 學習一個技能最主要的事情你必須知道,那就是能通過它來做什么? KEGG數據庫里面有什么? 如何查詢某一特定的代謝途徑(pathway)的信息,例如Glycolysis ...

Mon Dec 26 19:08:00 CST 2016 0 4000
KEGG數據庫介紹

1、KEGG簡介 KEGG 數據庫於 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前發展為一個綜合性數據庫,其中最核心的為 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 數據庫。在 KEGG ORTHOLOGY 數據庫中,將行使相同功能 ...

Wed Sep 12 19:13:00 CST 2018 0 2257
KEGG orthology (KO) 數據庫簡介

KEGG, 簡稱京都基因組百科全書,包含了許多的數據庫,對於研究基因功能來說,KEGG orthology 數據庫是最基本的一個數據庫KEGG Orthology 簡稱KO, 對於每個功能已知的基因,會把和其同源的基因所有基因都歸為一類,就是每一個KO, 並賦予一個K number ...

Fri Mar 24 00:20:00 CST 2017 0 7239
GO 和 KEGG 的區別 | GO KEGG數據庫用法 | 基因集功能注釋 | 代謝通路富集

一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常,因為它們的本質是相通的,都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫,應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別: 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 ...

Thu Jan 19 01:37:00 CST 2017 0 41736
KEGG 數據庫本地化(enrichKEGG)

在使用clusterProfiler時,KEGG注釋包,可以自定義。畢竟許多物種的數據庫是不完善的。現在就自定義一個KEGG.db的包,用於KEGG注釋。 第一步,先去上述官方地址找到自己研究的物種在KEGG數據里的3字符縮寫,比如:人的縮寫是hsa #安裝Y叔的包, #安裝創建KEGG數據庫 ...

Wed Apr 13 01:34:00 CST 2022 0 2788
數據庫】本地KEGG數據庫如何拆分子

目錄 KEGG本地文件 按物種拆分KEGG數據庫 1.獲得物種分類信息 2.獲得物種分類的序列信息並建 3.獲得物種分類的K-ko對應文件 根據相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注釋無非是用比對工具將輸入序列比對 ...

Sat Sep 26 06:55:00 CST 2020 0 506
構建讀寫分離的數據庫集群

4.1實戰案例——構建讀寫分離的數據庫集群 使用Mycat作為數據庫中間件服務構建讀寫分離的數據庫集群 使用一台虛擬機部署Mycat數據庫中間件服務,將用戶提交的讀寫操作識別分發給相應的數據庫 節點。這樣將用戶的訪問操作、數據庫的讀與寫操作分給3台主機,只有數據庫集群的主節點接 收增、刪 ...

Thu Mar 05 02:26:00 CST 2020 0 813
 
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