SAM/BAM文件處理
當測序得到的fastq文件map到基因組之后，我們通常會得到一個sam或者bam為擴展名的文件。SAM的全稱是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二進制文件(B取自binary)。 那么SAM文件的格式是什么樣子的呢？如果你想真實地了解SAM文件 ...
原文：處理bam文件提取信息
一般來說,一個bam文件通常只包含一個樣本的信息,最多需要進行染色體位置的處理, samtools也提供了簡單的處理方式,比如要提取 chr 的reads, 只需要: samtools view input.bam ch 這幾天遇到了 x genomics的bam結果,發現單細胞的reads全包含在一個bam文件里,用barcode進行區分,因此可能就需要提取其中的信息,比如提起某一個細胞的rea ...
2019-08-19 20:05 0 706 推薦指數：
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Notepad++ 正則表達式提取信息
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