比對 The raw Drop-seq data was processed with the standard pipeline (Drop-seq tools version 1.12 from ...
SCTransform Normalization and variance stabilization of single cell RNA seq data using regularized negative binomial regression ChristophH sctransform Variance Stabilizing Transformation It is obvious ...
2019-07-26 11:31 0 389 推薦指數:
比對 The raw Drop-seq data was processed with the standard pipeline (Drop-seq tools version 1.12 from ...
無論是傳統的多細胞轉錄組測序(bulk RNA-seq)還是單細胞轉錄組測序(scRNA-seq),差異表達分析(differential expression analysis)是比較兩組不同樣本基因表達異同的基本方法,可獲得一組樣本相對於另一組樣本表達顯著上調(up-regulated)和下調 ...
圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量 ...
圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量,甚至更多。其中,細胞亞型(cell ...
細胞狀態轉換軌跡構建示意圖(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各種生物系統中,細胞都會展現出一系列的不同狀態(如基因表達的動態變化等),這些狀態(state)之間會按照一定的時間順序轉換。最典型的比如細胞的分化過程,從不成熟的細胞逐漸分化 ...
單細胞技術在飛速發展,隨着數據的積累,對應的數據庫也相應出現。 CellMarker - 總結了目前的celltype對應的marker,同時給出了數據的文獻鏈接。 Mouse Cell Atlas - 2017年Nature文章,相當於把整個小鼠都測了,得到了一大堆的10x數據,郭國冀 ...
操作代碼:https://satijalab.org/seurat/ 依賴的算法 CCA CANONICAL CORRELATION ANALYSIS | R DATA ANALYSIS EXA ...
本次分享一篇今年2月才發表於Nature Methods的基於單細胞轉錄組數據推斷基因調控網絡的方法比較的文章,“Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell ...