原文:單細胞數據normalization方法 | SCTransform

SCTransform Normalization and variance stabilization of single cell RNA seq data using regularized negative binomial regression ChristophH sctransform Variance Stabilizing Transformation It is obvious ...

2019-07-26 11:31 0 389 推薦指數:

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單細胞測序數據的差異表達分析方法總結

無論是傳統的多細胞轉錄組測序(bulk RNA-seq)還是單細胞轉錄組測序(scRNA-seq),差異表達分析(differential expression analysis)是比較兩組不同樣本基因表達異同的基本方法,可獲得一組樣本相對於另一組樣本表達顯著上調(up-regulated)和下調 ...

Sat Sep 07 22:42:00 CST 2019 0 2592
單細胞測序數據的降維方法細胞亞型的鑒定聚類方法總結

圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量 ...

Sat Sep 07 22:46:00 CST 2019 0 1398
單細胞測序數據的降維方法細胞亞型鑒定聚類方法總結

圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量,甚至更多。其中,細胞亞型(cell ...

Fri Sep 06 06:40:00 CST 2019 0 425
基於單細胞測序數據構建細胞狀態轉換軌跡(cell trajectory)方法總結

細胞狀態轉換軌跡構建示意圖(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各種生物系統中,細胞都會展現出一系列的不同狀態(如基因表達的動態變化等),這些狀態(state)之間會按照一定的時間順序轉換。最典型的比如細胞的分化過程,從不成熟的細胞逐漸分化 ...

Mon Sep 09 01:36:00 CST 2019 0 1017
單細胞數據庫匯總

單細胞技術在飛速發展,隨着數據的積累,對應的數據庫也相應出現。 CellMarker - 總結了目前的celltype對應的marker,同時給出了數據的文獻鏈接。 Mouse Cell Atlas - 2017年Nature文章,相當於把整個小鼠都測了,得到了一大堆的10x數據,郭國冀 ...

Sun May 19 03:24:00 CST 2019 0 2491
 
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