單細胞測序技術(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02 來源: 一呼百諾 點擊次數:6587關鍵詞: 前言 單細胞生物學最近幾年是非常熱門的研究方向。在這 ...
操作代碼:https: satijalab.org seurat 依賴的算法 CCA CANONICAL CORRELATION ANALYSIS R DATA ANALYSIS EXAMPLES MNN The Mutual Nearest Neighbor Method in Functional Nonparametric Regression Comprehensive Integrati ...
2019-07-25 22:13 0 1073 推薦指數:
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業界良心啊,開源的單細胞課程。 隨便看了幾章,課程寫得非常用心,非常適合新手。 課程地址:Analysis of single cell RNA-seq data 源碼地址:hemberg-lab/scRNA.seq.course ...
細胞狀態轉換軌跡構建示意圖(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各種生物系統中,細胞都會展現出一系列的不同狀態(如基因表達的動態變化等),這些狀態(state)之間會按照一定的時間順序轉換。最典型的比如細胞的分化過程,從不成熟的細胞逐漸分化 ...
上一篇已經講解了Seurat標准流程,推文的最后,注意到了不同樣本之間的表達數據是存在批次效應的,就像下圖這樣,有些是可以聚到一起的亞群,卻出現了不同樣本分開/偏移的情況,比如第3群,這種就是批次效應: 接下來我會介紹Seurat v3的標准整合流程、Seurat結合Harmony 的整合 ...
SCTransform Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression ChristophH ...
這是一個新系列 差不多是一年以前,我定導后沒多久,接手了讀研后的第一個課題。合作方是醫院,和我對接的是一名博一的醫學生,最開始兩邊的老師很排斥常規的單細胞文章思路,即各大類細胞分群、注釋、描述,所以起初的幾個月都在摸索一條主線,再后來有主線了,要加實驗驗證,周期有點長。我這邊的分析基本做完 ...
【怪毛匠子-整理】 awesome-single-cell List of software packages (and the people developing these methods) for single-cell data analysis, including RNA-seq ...
無論是傳統的多細胞轉錄組測序(bulk RNA-seq)還是單細胞轉錄組測序(scRNA-seq),差異表達分析(differential expression analysis)是比較兩組不同樣本基因表達異同的基本方法,可獲得一組樣本相對於另一組樣本表達顯著上調(up-regulated)和下調 ...