參考資料來源: http://software.broadinstitute.org/gsea/doc/GSEAUserGuideFrame.html https://cloud.tencent.com/developer/article/1426130 GSEA圖的理解 ...
參考博客:https: blog.csdn.net weixin article details 需要創建一個cls文件 cls文件格式 第一行的三個數字分別表示 個樣本, 個分組,總是設置為 第二行為組的名稱 第三行為組的重復個數,也就是每個組有幾個重復就寫幾次 另外需要一個mmu.kegg optimal.symbol.gmt 這個文件可以在GSEA官網下載也可以自己制作一個相應的格式,如果自 ...
2019-06-18 17:40 0 651 推薦指數:
參考資料來源: http://software.broadinstitute.org/gsea/doc/GSEAUserGuideFrame.html https://cloud.tencent.com/developer/article/1426130 GSEA圖的理解 ...
生信寶典之前總結了一篇關於GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介紹了GSEA的定義、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以點擊閱讀先理解下概念 (下面摘錄一部分)。 GSEA案例解析介紹GSEA分析之前,我們先看一篇Cell文章 ...
大家應該對通路富集分析都很熟悉,如DAVID、超幾何富集分析等。都是在大量文章中常見的通路富集方法,給大家介紹一個更加復雜的通路富集分析的前期數據處理包GSVA(gene set variation analysis)與gsea選擇。GSVA是一種非參數的無監督分析方法,主要用來評估芯片核轉錄組 ...
2023年09月01日 log2FC <- log2(rowMeans(TPM[,high.samples])+1) - log2(rowMeans(TPM[,low.sample ...
1.為什么寫? 網上教程一抓一大把,有的能重復,有的不能重復不了,很多原因。別人能做的不代表你能復制,實踐出真知。 不做搬運工,只寫有用的,防止以后忘記。每個人理解不同,記錄下來,供自己今后參考,順便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱,是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目,從分 ...
image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method ...
R批量做GSEA分析還沒有官方的包,但是clusterprofiler可以做,它調用了最新的gfsea包。Gene Set Testing for RNA-seq - fgsea教程 RNA-seq是利器,大部分做實驗的老板手下都有大量轉錄組數據,所以RNA-seq的分析需求應該是很大 ...