在SAM輸出的結果中每一行都包括十二項通過Tab分隔(\t),從左到右分別是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一個合適的標記,各個數字分別代表 1 ...
bam文件說明 bam文件和sam文件內容其實是一樣的,只是bam是二進制的壓縮文件,需要通過特定的軟件來進行查看,bam文件通常可以理解為 個字段組成 BAM格式分為header section 頭部分,注釋信息,以 開頭,可有可無 和alignment section 比對結果 兩個部分。 alignment section由 個字段組成 序列的名字,也就是reads的名稱 是一個標記的數字 ...
2019-05-24 13:55 0 2387 推薦指數:
在SAM輸出的結果中每一行都包括十二項通過Tab分隔(\t),從左到右分別是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一個合適的標記,各個數字分別代表 1 ...
sam/bam 是一種序列比對格式標准,由sanger制定,是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示,當然也可以表示任意的多重比對結果。通常是把FASTQ文件格式的測序數據比對到對應的參考基因組版本得到的。 header 部分 sam 分為兩部分,注釋 ...
Sam&bam文件 SAM是一種序列比對格式標准, 由sanger制定,是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示,當然也可以表示任意的多重比對結果。當測序得到的fastq文件map到基因組之后,我們通常會得到一個sam或者bam為擴展名的文件 ...
當測序得到的fastq文件map到基因組之后,我們通常會得到一個sam或者bam為擴展名的文件。SAM的全稱是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二進制文件(B取自binary)。 那么SAM文件的格式是什么樣子的呢?如果你想真實地了解SAM文件 ...
1、Bam2bigwig(工具) https://www.researchgate.net/publication/301292288_Bam2bigwig_a_tool_to_convert_bam ...
Pysam可用來處理bam文件 安裝: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函數有很多,主要的讀取函數有: AlignmentFile:讀取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:讀取變異數據(VCF或者BCF ...
XML全稱是Extensible Markup Language,中文譯為可擴展的標記語言,它是SGML(標准通用標記語言)的一個子集。 說起XML,大家都會想起HTML,首先,HTM ...
CUE 文件,即 CUESheets ,光盤鏡像輔助文件。通常用於光盤刻錄、音樂播放等等。 比如用 EAC 刻錄CD光盤,或者用 Foobar2000 播放整軌音樂文件。 CUE 文件是非常好的音樂專輯信息載體,使用它可以使專輯信息和音樂文件分離,從而達到播放整軌 WAV、FLAC、APE ...