使用trim_galore軟件遇到的問題
我的原始測序數據是雙端測序，在用trim_galore軟件去接頭的這一步，使用的命令行是 相當然的以為軟件會默認為雙端測序，結果接下來一步用tophat軟件mapping到參考基因組上的時候，發現mapping率只用10%，低的驚人。后來排除建庫失敗的可能，我去查看 ...
原文：Trim Galore用法及參數考量
Trim Galore是一個非常流行的用於 去接頭序列 的軟件，用於處理高通量測序得到的原始數據。通常我們從測序公司拿到數據后，第一步就是評估數據的質量以及對raw data去接頭處理。公司拿來的數據通常附帶了clean data以及去接頭的說明文件，我自己重新實現了一下trim的過程。參數都是根據公司的說明文件來設定的。 軟件說明 版本信息 Trim Galore version: . . Cu ...
2019-01-21 12:04 0 3092 推薦指數：
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