1.為什么寫? 網上教程一抓一大把,有的能重復,有的不能重復不了,很多原因。別人能做的不代表你能復制,實踐出真知。 不做搬運工,只寫有用的,防止以后忘記。每個人理解不同,記錄下來,供自己今后參考,順便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...
image Gene Set Enrichment Analysis GSEA is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biologic ...
2019-01-12 09:26 0 1166 推薦指數:
1.為什么寫? 網上教程一抓一大把,有的能重復,有的不能重復不了,很多原因。別人能做的不代表你能復制,實踐出真知。 不做搬運工,只寫有用的,防止以后忘記。每個人理解不同,記錄下來,供自己今后參考,順便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...
大家應該對通路富集分析都很熟悉,如DAVID、超幾何富集分析等。都是在大量文章中常見的通路富集方法,給大家介紹一個更加復雜的通路富集分析的前期數據處理包GSVA(gene set variation analysis)與gsea選擇。GSVA是一種非參數的無監督分析方法,主要用來評估芯片核轉錄組 ...
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱,是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目,從分子功能(molecular function)、生物學過程(biological process ...
生信寶典之前總結了一篇關於GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介紹了GSEA的定義、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以點擊閱讀先理解下概念 (下面摘錄一部分)。 GSEA案例解析介紹GSEA分析之前,我們先看一篇Cell文章 ...
R批量做GSEA分析還沒有官方的包,但是clusterprofiler可以做,它調用了最新的gfsea包。Gene Set Testing for RNA-seq - fgsea教程 RNA-seq是利器,大部分做實驗的老板手下都有大量轉錄組數據,所以RNA-seq的分析需求應該是很大 ...
2023年09月01日 log2FC <- log2(rowMeans(TPM[,high.samples])+1) - log2(rowMeans(TPM[,low.sample ...
利用建立分級樹對酵母基因表達數據進行聚類分析 一、原理 根據基因表達數據,得出距離矩陣 ↓ 最初,每個點都是一個集合 每次選取距離最小的兩個集合,將他們合並,然后更新這個新集合與其它點的距離 新集合與別的集合距離的計算方法 ①兩個集合之間的最短 ...
前言 在生物信息學數據分析中,許多分析軟件都是基於R開發的。這里介紹一個可以在Python 中進行基因富集分析的Python 軟件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python wrapper ...