原文:利用GSEA對基因表達數據做富集分析

image Gene Set Enrichment Analysis GSEA is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biologic ...

2019-01-12 09:26 0 1166 推薦指數:

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GSEA-基因富集分析

1.為什么寫? 網上教程一抓一大把,有的能重復,有的不能重復不了,很多原因。別人能做的不代表你能復制,實踐出真知。 不做搬運工,只寫有用的,防止以后忘記。每個人理解不同,記錄下來,供自己今后參考,順便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...

Thu Aug 30 01:40:00 CST 2018 0 19018
基因或蛋白富集分析gsea與ssgsea

大家應該對通路富集分析都很熟悉,如DAVID、超幾何富集分析等。都是在大量文章中常見的通路富集方法,給大家介紹一個更加復雜的通路富集分析的前期數據處理包GSVA(gene set variation analysis)與gsea選擇。GSVA是一種非參數的無監督分析方法,主要用來評估芯片核轉錄組 ...

Sun Jul 05 20:40:00 CST 2020 0 4712
基因探針富集分析GSEA)& GO & pathway

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱,是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目,從分子功能(molecular function)、生物學過程(biological process ...

Thu Aug 07 01:18:00 CST 2014 0 4301
GSEA富集分析 - 界面操作》

生信寶典之前總結了一篇關於GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介紹了GSEA的定義、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以點擊閱讀先理解下概念 (下面摘錄一部分)。 GSEA案例解析介紹GSEA分析之前,我們先看一篇Cell文章 ...

Fri Sep 17 06:38:00 CST 2021 0 168
實戰--利用HierarchicalClustering 進行基因表達聚類分析

利用建立分級樹對酵母基因表達數據進行聚類分析 一、原理 根據基因表達數據,得出距離矩陣   ↓ 最初,每個點都是一個集合 每次選取距離最小的兩個集合,將他們合並,然后更新這個新集合與其它點的距離 新集合與別的集合距離的計算方法 ①兩個集合之間的最短 ...

Sun Nov 18 22:16:00 CST 2018 0 1254
[GSEAPY] 在Python里進行基因富集分析

前言 在生物信息學數據分析中,許多分析軟件都是基於R開發的。這里介紹一個可以在Python 中進行基因富集分析的Python 軟件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python wrapper ...

Tue Dec 28 02:21:00 CST 2021 0 2524
 
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