原文:利用biopython批量下載基因序列

構建自己需要的blast庫,需要下載所有自己需要的基因。利用biopython可以快速完成。 .首先,利用 org.Hs.eg.db 將自己的基因symbol轉成accession中的id 結果如下: .利用biopython下載序列。 結果: 完成 ...

2018-12-27 14:26 0 785 推薦指數:

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Biopython 模塊處理Seq序列 方法

Biopython 模塊1.序列 賦值 Bio.Alphabet.IUPAC 提供蛋白質、DNA和RNA的基本定義,並提供擴展和定制基本定義的功能。1.1 DNA 字母表 基本字母:IUPACUnambiguousDNA每種可能下的歧義字母:IUPACAmbiguousDNA修飾后的鹼基 ...

Mon Feb 12 07:52:00 CST 2018 0 3241
Biopython SeqIO 讀取序列文件,讀取信息,寫入序列

Biopython1.序列賦值 轉錄(反轉錄) 翻譯 反向互補2.讀取序列文件,識別序列的屬性信息。SeqRecord提供序列及其注釋的容器屬性:seq :一條生物序列id:基本ID,標識這條序列name:常用分子的名稱description:序列分子的描述letter_annotation ...

Mon Feb 12 18:56:00 CST 2018 0 927
Biopython SeqIO 讀取序列文件,讀取信息,寫入序列

Biopython 1.序列賦值 轉錄(反轉錄) 翻譯 反向互補2.讀取序列文件,識別序列的屬性信息。 SeqRecord提供序列及其注釋的容器屬性: seq :一條生物序列id:基本ID,標識這條序列name:常用分子的名稱description:序列分子的描述 ...

Mon Dec 28 17:51:00 CST 2020 0 419
如何利用efetch從NCBI中批量下載數據?

目錄 找序列序列 假設我要從NCBI中下載全部水稻的mRNA序列,如何實施? 找序列 第一步,肯定是找到相關序列。 我從ncbi taxonomy進入,搜索oryza。因為要搜索mRNA核酸序列,從此選擇nucleotide,點擊Go: 注意 ...

Fri Aug 06 08:02:00 CST 2021 0 147
Python爬蟲——利用Scrapy批量下載圖片

Python爬蟲——利用Scrapy批量下載圖片 Scrapy下載圖片項目介紹 使用Scrapy下載圖片 項目創建 項目預覽 創建爬蟲文件 項目組件介紹 ...

Wed Apr 14 20:17:00 CST 2021 0 228
利用yum下載rpm包並批量安裝

一、下載rpm包 方法一:downloadonly 1.yum自動下載RPM包及其所有依賴的包至/root/rpm目錄:      yum install yum-plugin-downloadonly   yum install --downloadonly ...

Sat Jun 15 22:40:00 CST 2019 0 2599
利用Python批量下載郵件附件

轉自:https://www.cnblogs.com/chouxianyu/p/11270101.html python批量下載郵件附件 背景 由於同學每周要通過郵箱收數學建模作業,100多人給她發附件,她要一個個地點着下載。 太麻煩了,所以想用程序 ...

Wed Dec 01 00:33:00 CST 2021 0 1010
利用firefox批量下載NASA數據(以OMI數據為例)

  因為在寫本科畢業論文的時候需要在NASA下載數據,不知道批量下載的方法,就用了很笨的一個方式,一個一個的點着下載了三年的數據。后來嘗試了很多種下載方法,但效果都不理想。在機緣巧合之下得知可以利用Firefox批量下載,瞬間覺得像發現新大陸一樣。下面是詳細步驟(下載數據起來簡單粗暴 ...

Sun Apr 22 06:16:00 CST 2018 2 796
 
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