轉錄組差異表達分析小實戰(二) Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差異基因表達分析 我按照前面的流程轉錄組差異表達分析小實戰(一),將小鼠的4個樣本又重新跑了一遍,從而獲得一個新 ...
使用Trinity拼接以及分析差異表達一個小例子 : : Trinity 將測序數據分為許多獨立的de Brujin graph,理論上每一個圖對應一個表達的基因。 整個流程分為三個步驟:Inchworm, Chrysalis, and Butterfly Inchworm:從reads中提取所有的重疊k mers,根據豐度遞減的順序檢查每個k mers,然后將重疊的k mers延長到不能再延長 ...
2018-11-09 22:21 0 1899 推薦指數:
轉錄組差異表達分析小實戰(二) Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差異基因表達分析 我按照前面的流程轉錄組差異表達分析小實戰(一),將小鼠的4個樣本又重新跑了一遍,從而獲得一個新 ...
轉錄組差異表達分析小實戰(一) Posted: 七月 28, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 讀文獻獲取數據 文獻名稱:AKAP95 regulates splicing through ...
使用Tophat+cufflinks分析差異表達 2017-06-15 19:09:43 522 0 0 使用TopHat+Cufflinks的流程圖 ...
差異表達分析之FDR 隨着測序成本的不斷降低,轉錄組測序分析已逐漸成為一種很常用的分析手段。但對於轉錄組分析當中的一些概念,很多人還不是很清楚。今天,小編就來談談在轉錄組分析中,經常會遇到的一個概念FDR,那什么是FDR?為什么要用FDR呢?一起來學習吧! 什么是FDR ...
仍然是兩年前的筆記 1. prepare-reference 如果用RSEM對比對后的bam進行轉錄本定量,則在比對過程中要確保比對用到的索引是由rsem-prepare-referen ...
1.概述 矩陣 函數 表達矩陣 lmFit 分組矩陣 eBayes 差異比較矩陣 topTable 2.讀取表達矩陣: 得到表達 ...
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Ballgown是分析轉錄組差異表達的R包。 軟件安裝: 運行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R會自動安裝Ballgown,及相應的依賴包。 Ballgown的輸入文件 ...