【轉錄組入門】7：差異基因分析
作業要求： 使用R語言，載入表達矩陣，然后設置好分組信息，統一用DEseq2進行差異分析，當然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任務是得到差異分析結果，進階任務是比較多個差異分析結果的異同點。 【1】安裝DESeq2 DESeq2對於輸入數據 ...
原文：10、差異基因topGO富集
參考：http: www.biotrainee.com thread .html http: bioconductor.org packages . bioc http: www.bioconductor.org packages release bioc html topGO.html https: www.jianshu.com p e f https: rpubs.com aemoore T ...
2018-08-19 20:38 0 1319 推薦指數：
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轉錄組（八）：差異基因注釋
引入clusterProfiler與注釋數據 GO(gene ontology)分析 GO，Gene Ontology，是基因功能國際標准分類體系。它旨在建立一個適用於各種物種的，對基因和蛋白質功能進行限定和描述的，並能隨着研究不斷深入而更新的語言詞匯標准。GO分為分子功能 ...
edgeR之配對檢驗分析差異基因的使用教程
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topGO
前面我們講過GO.db這個包，現在接着延伸topGO包，該包是用來協助GO富集分析 1）安裝 if("topGO" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org ...
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基因探針富集分析（GSEA）& GO & pathway
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