原文:VCF文件處理工具PyVCF

vcf格式示例 fileformat VCFv . FILTER lt ID LowQual,Description Low quality gt FORMAT lt ID AD,Number .,Type Integer,Description Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed gt FORMAT lt ...

2018-07-18 20:52 0 1529 推薦指數:

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基因組與Python --PyVCF 好用的vcf文件處理

vcf文件的全稱是variant call file,即突變識別文件,它是基因組工作流程中產生的一種文件,保存的是基因組上的突變信息。通過對vcf文件進行分析,可以得到個體的變異信息。嗯,總之,這是很重要的文件,所以怎么處理它也顯得十分重要。它的文件信息如下: 文件的開頭是一堆 ...

Wed Jun 20 23:36:00 CST 2018 0 940
CSV文件處理工具-CsvUtil

) CsvUtil是CSV工具類,主要封裝了兩個方法: getReader 用於對CSV文件讀取 ...

Sat Oct 30 04:49:00 CST 2021 0 2069
bcftools合並vcf文件

見命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz   參考鏈接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...

Fri Jul 06 23:10:00 CST 2018 5 1305
tabix 操作VCF文件

tabix 可以對NGS分析中常見格式的文件建立索引,從而加快訪問速度,不僅支持VCF文件,還支持BED, GFF,SAM等格式。 下載地址: 由於snp數量多,所以vcf文件也非常大,常見做法用bgzip進行壓縮 壓縮之后,原本的view.vcf文件就變成 ...

Thu Mar 26 04:50:00 CST 2020 0 3929
Linux 入門記錄:十七、Linux 命令行文本/文件處理工具

一、文件瀏覽 cat 查看文件內容 more 以翻頁形式查看文件內容(只能向下翻頁) less 以翻頁形式查看文件內容(可以上下翻頁) head 查看文件的頭幾行(默認10行) tail 查看文件的尾幾行(默認10行)    二、正則匹配 ...

Sun Oct 01 08:19:00 CST 2017 0 1528
文本處理工具 - TextBlob

文本處理工具 - TextBlob TextBlob基本介紹 TextBlob是一個用Python編寫的開源的文本處理庫。它可以用來執行很多自然語言處理的任務,比如,詞性標注,名詞性成分 ...

Tue Mar 12 19:09:00 CST 2019 0 2059
 
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