轉錄組入門(4)：了解參考基因組及基因注釋
任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組； 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件，並且用IGV去查看感興趣的基因的結構，比如TP53，KRAS，EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL，NCBI的gtf，也導入IGV看看，截圖 ...
原文：【轉錄組入門】4：參考基因組和注釋文件
作業要求： 在UCSC下載hg 參考基因組，我博客有詳細說明，從gencode數據庫下載基因注釋文件，並且用IGV去查看你感興趣的基因的結構，比如TP ,KRAS,EGFR等等。 作業，截圖幾個基因的IGV可視化結構 還可以下載ENSEMBL，NCBI的gtf，也導入IGV看看，截圖基因結構。了解IGV常識。 參考基因組 下載 地址：UCSC https: genome.ucsc.edu 進入UC ...
2018-06-30 21:27 0 9768 推薦指數：
相關推薦
參考基因組及注釋文件下載
從三大核酸數據庫NCBI、Ensembl、UCSC 下載參考序列及注釋文件 0.人類基因組版本對應關系 NCBI Ensembl UCSC GRCh36 release_52 hg18 ...
轉錄組（四）：了解參考基因組及基因注釋
參考基因組下載 基因組各版本的對應關系http://www.bio-info-trainee.com/1469.html GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75. ...
用哪個版本的基因組和注釋文件好？| 親測
What Ensembl genome version should I use for alignments? (e.g. toplevel.fa vs. primary_assembly.fa) 這是一個很細節也很實際的問題，到底用哪個版本？ 參考： What Ensembl ...
GRCh38基因組和注釋文件探究
ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | ...
關於基因組注釋文件GTF的解釋
GTF文件的全稱是gene transfer format，主要是對染色體上的基因進行標注。怎么理解呢，其實所謂的基因名，基因座等，都只是后來人們給一段DNA序列起的名字而已，還原到細胞中就是細胞核里面的一條長長的染色體（DNA序列）。而這個GTF文件的主要功能，就是指出我們所謂的基因在染色體 ...
【轉錄組入門】8：差異基因結果注釋
作業要求： 我們統一選擇p<0.05而且abs(logFC)大於一個與眾的基因為顯著差異表達基因集，對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分析。 然后把表達矩陣和分組信息分別作出cls和gct文件，導入到GSEA軟件分析。 基本任務是完成這個分析。 【1】環境 ...
基因組注釋
基因組注釋主要包括四個研究方向：重復序列的識別；非編碼RNA的預測；基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義：重復序列可分為串聯重復序列（Tendam repeat）和散在重復序列 ...