原文:怎么從bam文件中提取出比對OR沒比對上的paired reads | bamToFastq | STAR

折騰這么多都是白瞎,STAR就有輸出沒有別對上的pair end reads的功能 參見:How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same issue but with Paired End Reads, and I solved using samtools and bamToFastq.You can find bamToFastq ...

2018-03-27 01:00 0 2412 推薦指數:

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比對軟件之STAR的使用方法

建索引 普通比對 二次比對 用於cufflinks和stringtie的比對 待續~ 參考:比對軟件STAR的簡單使用 ...

Tue Mar 27 22:19:00 CST 2018 0 1647
PDF文件比對工具

tex/PDF對比工具討論:https://tex.stackexchange.com/questions/65453/track-changes-in-latex 如果有源文件,直接用latexpand和latexdiff是最佳的方式。 如果沒有源文件,只有pdf文件,那么只能直接對比 ...

Sun Mar 25 07:22:00 CST 2018 0 4188
超短reads(primer、barcode、UMI、index等)比對方法

二代reads最短都有50bp,所以大家常用的比對工具都是不支持50bp以下的reads比對的。 但是,在實際中,我們確實又有比對super short reads的需求。 So,我找到了如下方法來比對super short reads: 1.msa.sh,bbmap里的,好用,但是太慢 ...

Sat Jul 22 00:19:00 CST 2017 0 1567
Falcon:三代reads比對組裝工具箱

主頁:github: PacificBiosciences/FALCON 簡介 Falcon是一組通過快速比對reads,從而來consensus和組裝的工具。 Falcon工具包是一組簡單的代碼集合,我使用它們來研究單倍體和二倍體基因組的高效組裝算法。 為了提高計算速度,它有 ...

Mon Aug 01 17:10:00 CST 2016 0 5032
如何從 dump 文件中提取出 C# 源代碼?

一:背景 相信有很多朋友在遇到應用程序各種奇葩問題后,拿下來一個dump文件,辛辛苦苦分析了大半天,終於在某一個線程的調用棧上找到了一個可疑的方法,但 windbg 常常是以 匯編 的方式顯示方法代碼的,可惜的是,現如今的匯編,有多少像我們這些速成系碼農還看的懂呢? 😂😂😂 接下來尖銳 ...

Mon Apr 12 15:17:00 CST 2021 20 3508
linux下文件比對功能

很想對吧兩個文本有什么不同,可linux下有沒有那么方便的工具,怎么辦?其實也很簡單:diff命令,一行搞定。 新建a.txt文件 新建b.txt文件 執行命令:diff -C0 a.txt b.txt,對比效果如圖 *** 1 ***表示第一個文件的第一 ...

Tue May 23 19:51:00 CST 2017 0 1819
 
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