原文:TCGA系列--甲基化神器mexpress

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2017-12-28 16:31 0 1364 推薦指數:

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DNA甲基化

一、DNA甲基化簡介 1 、概念:DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳,是指DNA被化學小分子修飾的一種方式,即甲基(-CH3)共價結合到脫氧核糖核苷酸上,可以不改變脫氧核糖核苷酸序列而引起基因表達的的改變。 2 、發生位點:真核生物常見的甲基化位點有CpG(最主要)、CHG(H指A/T/C ...

Thu Apr 15 05:42:00 CST 2021 0 450
甲基化問題錦集

甲基化問題錦集 【2017-02-18】 今天小編和大家聊聊甲基化。 問:什么是表觀遺傳修飾? 答:基因組表觀遺傳修飾主要包括DNA甲基化修飾與核小體中組蛋白的修飾等,使得被修飾DNA ...

Fri Oct 19 19:22:00 CST 2018 0 777
甲基化數據QC:使用甲基化數據計算樣本間的相關性

樣本間的相關性,可以反映公司加樣時是否存在重復加樣的錯誤。 下面簡要介紹一下如果利用甲基化數據計算樣本間的相關性 1、提取甲基化探針的snp位點、CpG的beta值 下面用的示例文件是minfi包自帶的。 如果是自己的數據,那么提取甲基化snp位點用的是沒有經過過濾的原始數據 ...

Wed May 27 03:27:00 CST 2020 2 572
DNA甲基化及其測量方法(轉)

轉自聲明的奧秘 www.lifeomics.com DNA甲基化與腫瘤發生: DNA甲基化水平和模式的改變是腫瘤發生的一個重要因素。這些變化包括CpG島局部的高甲基化和基因組DNA低甲基化狀態。如圖1左所示,在正常細胞中,位於抑癌基因啟動子區域的CpG島處於 ...

Sat Nov 11 01:45:00 CST 2017 0 6634
表觀遺傳學——甲基化,組蛋白修飾

參考資料: 1.醫學分子生物學 第六章 第一節 表觀遺傳學-甲基化 2.醫學分子生物學 第六章 第二節 表觀遺傳學-組蛋白修飾 3.組蛋白修飾是個啥 1.什么是表觀遺傳學? 舉個例子:同卵雙生的雙胞胎個體,從遺傳學角度說他們的DNA序列是一致的,但多種表型存在一些差異。經典的孟德爾遺傳定律 ...

Wed Jun 24 19:21:00 CST 2020 0 4987
甲基化ChAMP包中加入協變量

最近在分析甲基化數據,發現ChAMP包的輸入端是beta(甲基化數據)和pheno(表型數據),找不到校正協變量(比如年齡、性別、批次等)的輸入端。 如下代碼所示: 查了一下ChAMP包的代碼,發現ChAMP包調用的是limma函數。 因此,這事就比較好解決了。 只需要在原代碼 ...

Wed May 20 06:24:00 CST 2020 0 726
 
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