原文:C++使用htslib庫讀入和寫出bam文件

有時候我們需要使用C 處理bam文件,比如取出read 或者read 等符合特定條件的序列,根據cigar值對序列指定位置的鹼基進行統計或者對序列進行處理並輸出等,這時我們可以使用htslib庫。htslib可以用來處理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools bcftools的核心庫。 cigar值存儲形式 位int,通過bam get cigar獲得地址,aln gt c ...

2017-11-15 20:56 0 1189 推薦指數:

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C++讀入XML文件

最近要做一個VRP的算法,測試集都是放在Xml文件中,而我的算法使用C++來寫,所以需要用C++來讀取Xml文件。 在百度上搜“C++讀取Xml文件”,可以出來很多博客,大多數是關於tinyXml的,所以這篇博文也是講述如何用tinyXML來讀取XML文件。 有些內容可能參考 ...

Sun Dec 04 20:08:00 CST 2016 0 29583
c++讀入txt文件(轉)

因為學姐的項目需要,要用到excel的讀入讀出,百度過后發現txt的讀入讀出比較簡單,於是,我采用了先把excel轉成txt,然后再讀入。 方法是csdn上的天使的原地址: https://blog.csdn.net/hzw9806/article/details/80543691 ...

Mon Oct 01 03:41:00 CST 2018 0 735
c++讀入優化

對於輸入數據非常大的一些可(變)愛(態)題目,scanf就會大大拖慢程序的運行速度,cin就更不用說了,所以我們要用一種高大上的東西——讀入優化。 讀入優化的原理其實就是一個一個字符的讀入,再組成 ...

Wed Aug 30 09:12:00 CST 2017 7 3688
c++快讀讀入

c++快讀讀入int ...

Mon Oct 30 01:12:00 CST 2017 0 2383
SAMTOOLS使用 SAM BAM文件處理

【怪毛匠子 整理】 samtools學習及使用范例,以及官方文檔詳解 #第一步:把sam文件轉換成bam文件,我們得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM ...

Thu Dec 27 17:35:00 CST 2018 0 6697
Python命令行參數以及文件讀入寫出

Python命令行參數以及文件讀入寫出 感覺這段時間要遞歸式學習了orz(不得不說柯老板這個選題真的無敵),每次都是查着查着回過神就十幾個窗口了。 我自己在代碼學習這塊經常是把相關博客的鏈接還有一些代碼以及知乎等網站的部分講解搬運到一個word上,顯然這種方法非常的懶……我如果要回顧某一塊知識 ...

Tue Sep 08 07:41:00 CST 2020 0 455
讀入輸出優化_C++

  當我們考試時遇到大量的讀入或者輸出時,這些代碼會耗費許多運行程序的時間,導致TL   本來 log2n 的算法因為讀入被卡成線性的就太不划算了,所以我們這里要采用讀入輸出優化   getchar 和 putchar 是最快的讀入輸出方式,變量名盡量用一些不是很常用的,以免沖突 ...

Thu Sep 22 06:09:00 CST 2016 0 4144
 
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