原文:FusionCancer-人類癌症相關的融合基因的數據庫

RNA seq 測序可以用於融合基因的發現,在過去的十幾年里,RNA seq 測序數據不斷增加,發現的融合基因的數據也不斷增加 FusionCancer 是一個人類癌症相關的融合基因的數據庫,利用NCBI SRA數據庫中的RNA seq 數據,采用tophat fusion, soap fusion, fusionmap, chimerascan 款預測融合基因的軟件進行預測 網址如下: http ...

2017-09-26 15:01 2 2635 推薦指數:

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人類基因組在三大基因數據庫中的不同版本

數據分析中,經常需要下載物種的參考基因組序列,這時有很多數據庫可以選擇,比如NCBI, Ensembl, UCSC這三個通用的數據庫,或者該物種特有的數據庫, 比如模式生物擬南芥等有專門的數據庫。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中對於同一個物種,編號不統一,在這里整理一下它們之間 ...

Mon Feb 15 01:49:00 CST 2016 0 5823
HGNC 數據庫-人類基因數據庫

HGNC 全稱為HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委員會,負責對人類基因組上包括蛋白編碼基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在內的所有基因提供一個唯一的,標准的,可以廣泛傳播的symbol; 數據庫的主頁為 http ...

Mon May 15 18:39:00 CST 2017 0 7893
各種人類數據庫--更新中

NCBI上有一個綜合各類人類數據庫的網頁:Human Genome Resources at NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/ 各大瀏覽器資源: 一、臨床或者變異數據資源 ClinVar & ...

Sat Oct 20 01:54:00 CST 2018 0 2388
基因數據庫

植物基因數據庫:1、NCBI中的genome,直接下載NCBI上的基因組文件 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 2、植物基因數據庫(包含約30個左右的植物,具體查看:) 30個左右植物基因組對應列表 下載 http ...

Sun Jun 07 05:11:00 CST 2020 0 1657
人類腸道菌群參考序列數據庫

目錄 人類微生物組計划HMP 國家基因庫MDB culturable genome reference (CGR) GMrepo Custom database 人類微生物組計划HMP https://commonfund.nih.gov/hmp ...

Wed Dec 30 20:01:00 CST 2020 0 725
用TCGA數據庫分析癌症和癌旁組織的表達差異

上周收到一條求助信息:“如何用TCGA數據庫分析LINC00152在卵巢癌與正常組織的的表達差異?” 所以以這個題目為記錄分析過程如下: 一、下載數據 a)進入網站https://cancergenome.nih.gov/ 網頁截圖如下: b)進入數據下載 Launch ...

Wed May 23 00:01:00 CST 2018 0 17700
抗性基因數據庫CARD介紹

隨着抗生素葯物的發現及使用,越來越多的耐葯菌株由此產生。而耐葯菌株的發展則會增加疾病治療的難度和成本,因此耐葯微生物的研究則顯得尤為重要。目前,通過對耐葯基因的鑒定挖掘能夠一定程度上幫助我們揭開耐葯機制,為疾病的治療、葯物研發提供參考。ARDB是最先整合了各種微生物中抗葯基因數據庫,但它 ...

Fri Aug 03 19:27:00 CST 2018 0 2141
專家解讀:利用Angular項目與數據庫融合實例

摘要:面對如何在現有的低版本的框架服務上,運行新版本的前端服務問題,華為雲前端推出了一種融合方案,該方案能讓獨立的Angular項目整體運行在低版本的框架服務上,通過各種適配手段,讓Angular項目也能獲取到外層框架服務的資源。 華為雲前端服務前期采用AngularJs作為框架技術棧 ...

Tue Jun 23 22:29:00 CST 2020 0 797
 
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