原文:samtools的用法簡介

.SAM sequence Alignment mapping 數據格式是目前高通量測序中存放比對數據的標准格式,當然他可以用於存放未比對的數據 .AMTools的主要功能如下: view: BAM SAM SAM BAM 轉換和提取部分比對 sort: 比對排序 merge: 聚合多個排序比對 index: 索引排序比對 faidx: 建立FASTA索引,提取部分序列 tview: 文本格式查 ...

2017-08-29 09:57 0 2273 推薦指數:

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samtools 的使用

主要介紹一下 SAMtools用法。它被譽為 NGS 里面的 瑞士軍刀,功能很是強大,所以值得好好學習一番。 文檔參考 總站 samtools-mannual github-samtools 標准流程 推薦: blog SAMtools: Primer ...

Wed Sep 23 09:43:00 CST 2015 0 2096
samtools idxstats

有很多種格式來記錄mapping的結果,大多數都收錄在UCSC的幫助文檔中。在mapping之后,如何對mapping的結果進行評估呢? 最簡單的,就是通過samtools來評估mapping質量了。 samtools idxstats aln.sorted.bam 注意,這一步之前需要 ...

Thu Jul 16 19:19:00 CST 2015 0 1976
sprintf用法簡介

sprintf用法簡介 選自《CSDN 社區電子雜志——C/C++雜志》 在將各種類型的數據構造成字符串時,sprintf 的強大功能很少會讓你失望。由於sprintf 跟printf 在用法上幾乎一樣,只是打印的目的地不同而已,前者打印到字符串中,后者則直接在命令行上輸出。這也導致 ...

Fri Nov 30 19:21:00 CST 2012 9 615
SSH簡介及其用法

目錄 SSH的安全機制 SSH的安裝 啟動服務器的SSH服務 SSH兩種級別的遠程登錄 SSH的高級應用 Secure Shell(SSH) 是由 IETF(The Internet ...

Thu Apr 30 04:45:00 CST 2020 0 563
kqueue用法簡介

1.什么是kqueue和IO復用 kueue是在UNIX上比較高效的IO復用技術。 所謂的IO復用,就是同時等待多個文件描述符就緒,以系統調用的形式提供。如果所有文件描述符都沒有就緒的話,該系統調用 ...

Fri Jul 01 05:43:00 CST 2016 0 4583
BufferedInputStream與BufferedOutputStream用法簡介

BufferedInputStream是帶緩沖區的輸入流,默認緩沖區大小是8M,能夠減少訪問磁盤的次數,提高文件讀取性能;BufferedOutputStream是帶緩沖區的輸出流,能夠提高文件的寫入 ...

Fri Dec 15 03:33:00 CST 2017 0 2446
SpringBoot HATEOAS用法簡介

REST風格簡介 介紹HATEOAS之前先簡單介紹一下REST,REST 是 Representational state transfer 的縮寫,翻譯過來的意思是表達性狀態轉換。REST是一種架構的風格 Richardson Maturity Model Richardson 提出 ...

Mon Oct 28 00:06:00 CST 2019 0 637
Redis HyperLogLog用法簡介

(1)HyperLogLog簡介 在Redis 在 2.8.9 版本才添加了 HyperLogLog,HyperLogLog算法是用於基數統計的算法,每個 HyperLogLog 鍵只需要花費 12 KB 內存,就可以計算接近 2^64 個不同元素的基數。HyperLogLog適用於大數據 ...

Thu Jul 18 06:00:00 CST 2019 0 654
 
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