主要介紹一下 SAMtools 的用法。它被譽為 NGS 里面的 瑞士軍刀,功能很是強大,所以值得好好學習一番。 文檔參考 總站 samtools-mannual github-samtools 標准流程 推薦: blog SAMtools: Primer ...
.SAM sequence Alignment mapping 數據格式是目前高通量測序中存放比對數據的標准格式,當然他可以用於存放未比對的數據 .AMTools的主要功能如下: view: BAM SAM SAM BAM 轉換和提取部分比對 sort: 比對排序 merge: 聚合多個排序比對 index: 索引排序比對 faidx: 建立FASTA索引,提取部分序列 tview: 文本格式查 ...
2017-08-29 09:57 0 2273 推薦指數:
主要介紹一下 SAMtools 的用法。它被譽為 NGS 里面的 瑞士軍刀,功能很是強大,所以值得好好學習一番。 文檔參考 總站 samtools-mannual github-samtools 標准流程 推薦: blog SAMtools: Primer ...
有很多種格式來記錄mapping的結果,大多數都收錄在UCSC的幫助文檔中。在mapping之后,如何對mapping的結果進行評估呢? 最簡單的,就是通過samtools來評估mapping質量了。 samtools idxstats aln.sorted.bam 注意,這一步之前需要 ...
sprintf用法簡介 選自《CSDN 社區電子雜志——C/C++雜志》 在將各種類型的數據構造成字符串時,sprintf 的強大功能很少會讓你失望。由於sprintf 跟printf 在用法上幾乎一樣,只是打印的目的地不同而已,前者打印到字符串中,后者則直接在命令行上輸出。這也導致 ...
目錄 SSH的安全機制 SSH的安裝 啟動服務器的SSH服務 SSH兩種級別的遠程登錄 SSH的高級應用 Secure Shell(SSH) 是由 IETF(The Internet ...
1.什么是kqueue和IO復用 kueue是在UNIX上比較高效的IO復用技術。 所謂的IO復用,就是同時等待多個文件描述符就緒,以系統調用的形式提供。如果所有文件描述符都沒有就緒的話,該系統調用 ...
BufferedInputStream是帶緩沖區的輸入流,默認緩沖區大小是8M,能夠減少訪問磁盤的次數,提高文件讀取性能;BufferedOutputStream是帶緩沖區的輸出流,能夠提高文件的寫入 ...
REST風格簡介 介紹HATEOAS之前先簡單介紹一下REST,REST 是 Representational state transfer 的縮寫,翻譯過來的意思是表達性狀態轉換。REST是一種架構的風格 Richardson Maturity Model Richardson 提出 ...
(1)HyperLogLog簡介 在Redis 在 2.8.9 版本才添加了 HyperLogLog,HyperLogLog算法是用於基數統計的算法,每個 HyperLogLog 鍵只需要花費 12 KB 內存,就可以計算接近 2^64 個不同元素的基數。HyperLogLog適用於大數據 ...