當測序得到的fastq文件map到基因組之后,我們通常會得到一個sam或者bam為擴展名的文件。SAM的全稱是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二進制文件(B取自binary)。 那么SAM文件的格式是什么樣子的呢?如果你想真實地了解SAM文件 ...
測序產生的bam文件,有一些reads在cigar值里顯示存在softclip,有一些存在hardclip,究竟softclip和hardclip是怎么判斷出來的,還有是怎么標記duplicate的reads的,我懷着這些問題進行了探究。 測試步驟 編輯兩個bed文件,分別含有我們需要的read 和read 位置,這里每個文件包含兩條read 或者兩條read ,read read 一對作為原始 ...
2017-09-02 22:07 0 1745 推薦指數:
當測序得到的fastq文件map到基因組之后,我們通常會得到一個sam或者bam為擴展名的文件。SAM的全稱是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二進制文件(B取自binary)。 那么SAM文件的格式是什么樣子的呢?如果你想真實地了解SAM文件 ...
bam文件說明 bam文件和sam文件內容其實是一樣的,只是bam是二進制的壓縮文件,需要通過特定的軟件來進行查看,bam文件通常可以理解為12個字段組成 BAM格式分為header section(頭部分,注釋信息,以@開頭,可有可無)和alignment section(比對 ...
Pysam可用來處理bam文件 安裝: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函數有很多,主要的讀取函數有: AlignmentFile:讀取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:讀取變異數據(VCF或者BCF ...
sam/bam 是一種序列比對格式標准,由sanger制定,是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示,當然也可以表示任意的多重比對結果。通常是把FASTQ文件格式的測序數據比對到對應的參考基因組版本得到的。 header 部分 sam 分為兩部分,注釋 ...
一般來說,一個bam文件通常只包含一個樣本的信息,最多需要進行染色體位置的處理, samtools也提供了簡單的處理方式,比如要提取 chr1的reads, 只需要: samtools view input.bam ch1 這幾天遇到了10x genomics的bam結果,發現 ...
最近接觸的數據都是靶向測序,或者全外測序的數據。對數據的覆蓋深度及靶向捕獲效率的評估成為了數據質量監控中必不可少的一環。 以前都是用samtools depth 算出單鹼基的深度后,用per ...
【怪毛匠子 整理】 samtools學習及使用范例,以及官方文檔詳解 #第一步:把sam文件轉換成bam文件,我們得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM ...
Sam&bam文件 SAM是一種序列比對格式標准, 由sanger制定,是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示,當然也可以表示任意的多重比對結果。當測序得到的fastq文件map到基因組之后,我們通常會得到一個sam或者bam為擴展名的文件 ...