-----------------------------bigBed--------------------------------- 1、bigBed格式 BigBed文件是使用bedToBigBed程序從BED類型文件創建的。結果得到的bigBed文件是二進制索引文件。bigBed文件 ...
Bam bigwig 工具 https: www.researchgate.net publication Bam bigwig a tool to convert bam files into bigwig for UCSC Genome Browser tutor file: http: files.cnblogs.com files renping bam bigwig.pdf 通過chi ...
2017-06-15 15:11 0 2348 推薦指數:
-----------------------------bigBed--------------------------------- 1、bigBed格式 BigBed文件是使用bedToBigBed程序從BED類型文件創建的。結果得到的bigBed文件是二進制索引文件。bigBed文件 ...
bam文件說明 bam文件和sam文件內容其實是一樣的,只是bam是二進制的壓縮文件,需要通過特定的軟件來進行查看,bam文件通常可以理解為12個字段組成 BAM格式分為header section(頭部分,注釋信息,以@開頭,可有可無)和alignment section(比對 ...
在SAM輸出的結果中每一行都包括十二項通過Tab分隔(\t),從左到右分別是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一個合適的標記,各個數字分別代表 1 ...
Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 lines on your terminal after typing "head ...
sam/bam 是一種序列比對格式標准,由sanger制定,是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示,當然也可以表示任意的多重比對結果。通常是把FASTQ文件格式的測序數據比對到對應的參考基因組版本得到的。 header 部分 sam 分為兩部分,注釋 ...
Sam&bam文件 SAM是一種序列比對格式標准, 由sanger制定,是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示,當然也可以表示任意的多重比對結果。當測序得到的fastq文件map到基因組之后,我們通常會得到一個sam或者bam為擴展名的文件 ...
shell腳本是UNIX格式,在修改其中內容時,務必保持UNIX格式。UE編輯器打開時,會詢問是否轉為DOS格式,請點否。如果修改完成后,不能確認是否為DOS格式,可以使用UE文件菜單下的Conversions轉換為UNIX格式。 在Linux下可以是用“cat –A filename”來查看 ...
主要使用到的Java類有:javax.xml.bind.JAXBContext,javax.xml.bind.Marshaller(編排) 代碼主要展示如下: 測 ...