原文:HDF5 文件格式簡介

三代測序下機的原始數據不再是fastq格式了,而是換成了hdf 格式,在做三代數據的分析之前,有必要先搞清楚hdf 這種文件格式 官網的鏈接如下:https: support.hdfgroup.org HDF HDF 是一種靈活的文件儲存格式,它相對其他的文件格式,肯定是有很多的優點,這里就不一一列舉了,最值得我們關注的是,在這種格式中,數據是如何儲存的。 對於hdf 文件中的數據存儲,有兩個核心 ...

2017-05-26 11:38 0 3650 推薦指數:

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python讀寫hdf5及cdf格式文件

Python write and read hdf5 file http://stackoverflow.com/questions/20928136/input-and-output-numpy-arrays-to-h5py http://docs.h5py.org/en/latest ...

Tue Mar 07 04:19:00 CST 2017 0 3185
用python讀寫HDF5格式文件

用python讀寫HDF5格式文件 用python讀寫HDF5格式文件 HDF5介紹 創建HDF5文件 讀取HDF5文件 HDF5的group用python讀寫HDF5格式文件HDF5介紹 HDF(Hierarchical ...

Fri Dec 03 02:52:00 CST 2021 0 1038
pandas HDF5與EXCEL文件

一、HDF5 HDF5是一個備受好評的文件格式,廣泛用於存儲大量的科學計算數組。很多數據分析的實際工作中困難都在於I/O密集,而不是CPU密集,使用HDF5這樣的工具可以大大加速你的應用。它以C庫的形式提供,並且具有許多其它語言的接口,包括Java、MATLAB和Python。HDF5中的HDF ...

Thu Apr 16 17:21:00 CST 2020 0 579
hdf5類型文件

HDF---Hierarchical Data Format的簡稱, hdf5是一種高級的適合大數據存儲及層次邏輯數據的存儲文件類型,而list及dict是數據類型. 層次結構數據,滿足層次存儲及索引包括: group------------------像字典 ...

Thu Oct 29 02:19:00 CST 2020 0 635
pandas處理hdf5文件

什么是HDF5 HDF5:Hierarchical Data Format Version 5,對於存儲大規模、具有相同類型的數據,HDF5是一種非常不錯的存儲格式文件后綴名為h5。這種格式文件的存儲和讀取速度非常快,並且我們可以把HDF5文件看成是一個"目錄",它是分層次的,我們來看看 ...

Sun Mar 01 10:01:00 CST 2020 0 1847
matlab創建HDF5文件

一、例子 1、創建寫入 testdata = uint8(magic(5)); h5create('my_example.h5','/dataset1',size(testdata)); ...

Mon Apr 20 20:14:00 CST 2020 0 783
VMD可視化hdf5格式的分子坐標文件

技術背景 VMD是分子動力學模擬領域常用的一款可視化軟件,可以非常直觀方便的展示分子的運動過程。而VMD本身對展現的格式有一定的要求,如果不是常見的rst等類型的坐標文件的話,就需要自己手動去實現一個可視化的插件。這里我們介紹的是通過VMD來可視化hdf5格式的坐標文件——hdf5是量子化學領域 ...

Wed Oct 27 01:40:00 CST 2021 0 280
 
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