了很多基因功能注釋數據庫,。這其中比較有名的一個就是Gene Ontology(基因本體論,GO)和K ...
一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常,因為它們的本質是相通的,都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫,應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別: 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 http: www.webgestalt.org option.php GCLC TFPI HSPB TSPOAP I ...
2017-01-18 17:37 0 41736 推薦指數:
了很多基因功能注釋數據庫,。這其中比較有名的一個就是Gene Ontology(基因本體論,GO)和K ...
隨着人類基因組計划(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成,人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析,研究相應基因在生物體內的功能,闡明 ...
柱狀圖 讀取數據 轉換term為因子 設置柱子顏色 繪圖(柱狀圖) 繪圖(氣泡圖) ...
但凡是做過基因表達數據分析的(芯片、RNA-seq,scRNA-seq),肯定是跑過基因集功能注釋和通路富集的,因為它是研究未知基因集的利器。 但跑過之后老板肯定會給反饋,通常得到的注釋都是沒有太多意義的,偶爾能隨緣得到一些滿意的注釋,所以常見的注釋數據庫是有顯而易見的缺點的。 而往往 ...
前言 關於clusterProfiler這個R包就不介紹了,網紅教授宣傳得很成功,功能也比較強大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可視化。簡單總結下用法,以后用時可直接找來用。 首先考慮一個問題:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注釋信息來自哪里? GO的注釋信息 ...
前言 本文主要演示GEO數據庫的一些工具,使用的數據是2015年在Nature Communications上發表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional ...
參考:KEGG數據庫中文教程 - 博奧 &【學習筆記】KEGG數據庫 - 微信 學習一個技能最主要的事情你必須知道,那就是能通過它來做什么? KEGG數據庫里面有什么? 如何查詢某一特定的代謝途徑(pathway)的信息,例如Glycolysis ...
) ##獲取數據庫 ah = AnnotationHub() 2. 搜索自己所需數據庫並下載 re ...