1、KEGG簡介 KEGG 數據庫於 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前發展為一個綜合性數據庫,其中最核心的為 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 數據庫。在 KEGG ORTHOLOGY 數據庫中,將行使相同功能 ...
參考:KEGG數據庫中文教程 博奧 amp 學習筆記 KEGG數據庫 微信 學習一個技能最主要的事情你必須知道,那就是能通過它來做什么 KEGG數據庫里面有什么 如何查詢某一特定的代謝途徑 pathway 的信息,例如Glycolysis Gluconeogenesis 如何查詢某一化合物的信息,例如Pyruvate 如何查詢Pyruvate涉及了哪些生化反應 如何查詢某一基因的信息,例如gltA ...
2016-12-26 11:08 0 4000 推薦指數:
1、KEGG簡介 KEGG 數據庫於 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前發展為一個綜合性數據庫,其中最核心的為 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 數據庫。在 KEGG ORTHOLOGY 數據庫中,將行使相同功能 ...
本文轉自Y叔公眾號 自己KEGG數據庫好處: 可重復性好 沒網也可以進行分析 步驟 1 在KEGG官網找到自己物種的3字符縮寫 2 加載Y叔獲取kegg.db 的R包 3 下載所需要物種的KEGG.db 4 測試本地的包 ...
KEGG, 簡稱京都基因組百科全書,包含了許多的數據庫,對於研究基因功能來說,KEGG orthology 數據庫是最基本的一個數據庫; KEGG Orthology 簡稱KO, 對於每個功能已知的基因,會把和其同源的基因所有基因都歸為一類,就是每一個KO, 並賦予一個K number ...
一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常,因為它們的本質是相通的,都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫,應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別: 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 ...
在使用clusterProfiler時,KEGG注釋包,可以自定義。畢竟許多物種的數據庫是不完善的。現在就自定義一個KEGG.db的包,用於KEGG注釋。 第一步,先去上述官方地址找到自己研究的物種在KEGG數據里的3字符縮寫,比如:人的縮寫是hsa #安裝Y叔的包, #安裝創建KEGG數據庫 ...
目錄 KEGG本地庫文件 按物種拆分KEGG數據庫 1.獲得物種分類信息 2.獲得物種分類的序列信息並建庫 3.獲得物種分類的K-ko對應文件 根據相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注釋無非是用比對工具將輸入序列比對 ...
前言 本文主要演示GEO數據庫的一些工具,使用的數據是2015年在Nature Communications上發表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional ...
sql編程 為什么要使用sql編程? 標准的sql是非過程化的查詢語言 特點:操作簡單、面向集合、功能豐富、使用簡單等 缺點:缺少流程控制能力,難以實現應用業務中的邏輯控制 辦法:使用sql編程,可以提高應用系統和數據庫管理系統間的互操作性 使用sql編程來訪問和管理 ...