用TCGA數據庫分析癌症和癌旁組織的表達差異
上周收到一條求助信息：“如何用TCGA數據庫分析LINC00152在卵巢癌與正常組織的的表達差異？” 所以以這個題目為記錄分析過程如下： 一、下載數據 a）進入網站https://cancergenome.nih.gov/ 網頁截圖如下： b）進入數據下載 Launch ...
原文：用TCGA收集的mRNA表達數據作差異表達
做差異表達的軟件DEseq和edgeR所需要的數據格式必須是原始counts,經過normalization和log 后的數據都不適合，所以對於做差異表達計算的童鞋可以使用ExperimentHub下載TCGA的原始數據。 GEO地址：http: www.ncbi.nlm.nih.gov geo query acc.cgi acc GSE 安裝：首先安裝環境要求BioC . In R . libr ...
2016-08-11 11:26 0 2200 推薦指數：
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