我的原始测序数据是双端测序,在用trim_galore软件去接头的这一步,使用的命令行是 相当然的以为软件会默认为双端测序,结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候,发现mapping率只用10%,低的惊人。后来排除建库失败的可能,我去查看 ...
Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS Reduced Representation Bisulfite Seq Illumina Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去除低质量碱基,然后去除 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前 million的序列 ...
2022-02-21 17:03 2 2233 推荐指数:
我的原始测序数据是双端测序,在用trim_galore软件去接头的这一步,使用的命令行是 相当然的以为软件会默认为双端测序,结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候,发现mapping率只用10%,低的惊人。后来排除建库失败的可能,我去查看 ...
trim_galore 注意:软件工具一般会定期进行迭代更新,如果使用出现问题,请查看官方文档。 网址:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 需先安装fastqc ...
https://blog.csdn.net/wanght89/article/details/78188591?locationNum=4&fps=1 ...
数据挖掘中常用的数据清洗方法有哪些? 原文链接:https://www.zhihu.com/question/22077960 从两个角度看,数据清洗一是为了解决数据质量问题,,二是让数据更适合做挖掘。不同的目的下分不同的情况,也都有相应的解决方式和方法。 包括缺失值处理、异常 ...
07.数据清洗 数据清洗概念 之前已经讲过,数据分析的过程是这样的。 之前我们学习的一系列python模块,比如BeautifulSoup、Xpath、selenium等模块,都是属于数据清洗的范畴;matplotlib模块属于数据可视化模块。numpy ...
学习笔记,参考原作者 数据清洗是数据分析的第一步, 经常需要花费大量的时间来清洗数据或者转换格式。 一、数据预处理 1. 部署环境,导入分析包和数据 2. 尝试去理解这份数据集 我们可以通过对数据集提问来判断这份数据能不能满足解答我们的问题,数据是否干净需不需要进一步处理,问题包括 ...
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随着大数据时代的发展,越来越多的人开始投身于大数据分析行业。当我们进行大数据分析时,我们经常听到熟悉的行业词,如数据分析、数据挖掘、数据可视化等。然而,虽然一个行业词的知名度不如前几个词,但它的重要性相当于前几个词,即数据清洗。 顾名思义,数据清洗是清洗脏数据,是指在数据 ...