NCBI下载SRA数据
从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情，但是今天碰到几个坑： 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径； 2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网，直接在SRA搜索栏里： 输入paper的title关键词NIFTY BGI ...
原文：3.测序SRA数据下载与转换
一 官方下载工具Sratoolkit安装 推荐使用conda直接安装，避免配置环境的麻烦，但sratoolkit在conda镜像中的包名为sra tools 二 SRA文件下载地址获取 .NCBI GEO数据库下载地址 .输入GEO Accession 如GSE ，点击搜索，找到测序SRA文件 . 下载Accession List：一个txt文件包含所有的测序样本名称，均对应于上图左下角的Run ...
2022-02-18 16:54 0 1003 推荐指数：
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NCBI SRA数据库
简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院（NIH）的高通量测序数据的主要归档，是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，其中包括NCBI序列读取存档（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）和DNA数据库 日本（DDBJ）。 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的。 SRA ...