关于SAM和广义SAM 不是教程 某些思考先记下来 SAM 终于学会了这个东西诶...... 一部分重要性质 确定一个重要事情,S构造出的SAM的一个重要性质是当且仅当对于S的任意一个后缀,可以从1号节点走到终止状态。专业的名词叫做有限状态自动机。 trans[st][c]表示 ...
. SIM卡被称为用户身份识别模块,它是一个用户标识模块 大多数现代手机中用于与运营商通信的小电路板。实际上,它是两种硬件之间的中间人: 手机的基带芯片和你的运营商的信号发射塔,允许两者进行通信,在全球的智能手机中都使用。它是一种为GSM手机用户存储数据的智能卡。GSM是全球移动通信系统的缩写,是一种数字移动网络,在欧洲 亚洲 非洲和世界大部分地区普遍使用。 . SAM卡 安全存取模块或安全应用 ...
2022-01-19 19:28 0 1202 推荐指数:
关于SAM和广义SAM 不是教程 某些思考先记下来 SAM 终于学会了这个东西诶...... 一部分重要性质 确定一个重要事情,S构造出的SAM的一个重要性质是当且仅当对于S的任意一个后缀,可以从1号节点走到终止状态。专业的名词叫做有限状态自动机。 trans[st][c]表示 ...
SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。 不同的软件,不同的时期,不同的研究方向,都会创建一种或者多种格式标准,当然根据当时的需要,创建符合需求的标准,也是最容易 ...
目录 -1.参考资料 0.定义 1.关于SAM 2.SAM 举例 3.线性构造 SAM 3.1 endpos 3.2 link 3.3 一些定义&小结 3.4 算法 4.应用 -1. ...
前(fei)言(hua): 咳咳,既然是学习笔记,那肯定是边学边写的啊,所以会持续更新呀。 SAM是啥子玩意?(在大佬讲之前完全听都没听过,但是根据PPT的排布以及讲的是字符串主题来看,这应该是“后缀自动机”了(本蒟蒻听过后缀自动机,仅仅只是听过,但是SAM这个名字就没听 ...
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔(\t),从左到右分别是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比对的末端 ...
SAM 做题笔记。 这里是 SAM 感性瞎扯。 最近学了后缀自动机(Suffix_Automaton,SAM),深感其巧妙之处,故写文以记之。 部分文字与图片来源于 OI-Wiki,hihoCoder 与一些个人博客,链接在文章最底端。 在此之前请先了解有关于 SAM 的所有函数 ...
pysam模块 因为要分析sam文件中序列的情况,因此要对reads进行细分,所以之前想用数据库将sam文件信息存储,然后用sql语句进行分类。后来发现很麻烦,pysam就是一个高效读取存储在SAM / BAM / CRAM格式文件中的映射短读序列数据信息的python模块,可以轻松 ...
当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary)。 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件 ...