原文:【基因组学】maker的安装和注释

本文默认读者有一定的生信基础,没有基础的可以阅读以前的笔记内容。 conda install perl bioperl conda update conda conda install n maker maker . . y 然后就安装好了。 后面的具体流程我继续往下讲。 后面的坑不用看了,直接看上面的。 maker作为比较受人认可的基因组注释软件,其流程较为清晰简单。 不知何故,我的conda无 ...

2022-01-09 19:03 10 2842 推荐指数:

查看详情

基因组学技术新进展与展望

基因组学技术新进展与展望 于军 任鲁风 王绪敏 (中国科学院北京基因组研究所) 近十年来,由“下一代测序(next generation sequencing; NGS)”技术引领的基因组科学与技术正在一个空前的高速度推动下迅猛发展。这个发展势头的加速度之高,其研究成果 ...

Wed Oct 09 04:26:00 CST 2019 0 1131
比较基因组学中-利用单拷贝基因构建进化树

(1)同源基因的查找   OrthoMCL or Orthofinder; (2)多序列比对   Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee, Muscle 效果好点 (3)调取保守区域,并收尾连接,形成supergene   Gblocks ...

Sat Apr 11 18:26:00 CST 2020 0 3277
基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
如何注释基因组中的tRNA + 安装tRNAscan-SE

简介 tRNA:tRNA是mRNA翻译到蛋白的步骤中根据密码子搬运氨基酸的RNA。这个结构的最核心部位就是与密码子配对的三位碱基。tRNA长得像一个三叶草,大概76-90 bp,所以除了三位碱 ...

Thu Jul 27 05:05:00 CST 2017 0 1710
基因组注释】GMAP安装使用问题

homology策略预测基因结构,下载了公共mRNA/CDS序列,考虑用gmap比对。本来是个很简单的脚本,但总是不那么顺利。 无论是用conda安装,还是源码安装较新版本,都存在问题。 第一步建立索引都没问题。但比对时,没报错,出现如下: 结果是cds_gene.gff3除了表头 ...

Fri Apr 16 06:43:00 CST 2021 0 336
基因组注释】ncRNA注释

目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等结果的统计 ...

Mon Oct 11 20:11:00 CST 2021 1 2029
SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
 
粤ICP备18138465号  © 2018-2025 CODEPRJ.COM