如何极大减少Seurat对象保存时间 Seurat R 包无疑目前大家进行单细胞分析最长用的包之一，Seurat分析时将每一步结果都存在了Seurat 对象的不同slots中，好处是计算的所有信息得以保留，然而同时也会造成文件过大，难以保存和读取。对于2万个细胞以下也许不成问题，但当细胞数超过 ...

最新版V3文档：https://satijalab.org/seurat/vignettes.html 不要再用V2的版本了，V3已经涵盖了V2所有的功能。 最新版3.0已经发布了，有重大更新，以前的许多API也不支持了。 April 16, 2019 Version 3.0 ...

Seurat是一个老牌的单细胞分析工具了（satija的力作），我之前测试过，但是没怎么用。 最近发现这个工具又publish在了NBT上，所以很有必要看一下这篇文章。 Integrating single-cell transcriptomic data across ...

前面我们已经学习了单细胞转录组分析的：使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测，今天我们开始Seurat标准流程的学习。这一部分的内容，网上有很多帖子，基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍，这回我换一个数据集，细胞类型更多，同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧 ...

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在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat 2 和 Seurat 3 Seurat 作为单细胞分析中的重量级R包，有多好用用，用过的人都知道。Seurat 分析流程基本涵盖了单细胞分析中的所有常见分析方法，包括filtering，tSNE，UMAP降维及画图等。还有一个重量级功能 ...

安装Seurat包 安装Seurat包 install.packages('Seurat', type = "binary") install.packages('Seurat') library('Seurat ...

2022年07月19日 R4.1安装ggpubr出现了问题，要用conda先装一个nlopt # conda install -c conda-forge nlopt # conda ...