1) 安装 bedtools 提供了3种安装方式 从google code 下载源代码进行安装 利用系统中的包管理工具进行安装, 比如cnetos 下的yum, ubuntu下的apt-get, mac 下的homebrew 从github下载源代码,进行安装 由于访问 ...
I have a Python, I have a BEDTools. Ah,pybedtools 前言 pybedtools 是采用 Python 对BEDTools 软件的封装和扩展。为啥要用pybedtools ,而不是直接使用BEDTools 呢 当然是我们想在Python 使用 BEDTools 啦 Why pybedtools 作者也是给了一个例子 找出在基因间隔区的SNPs, 然后 ...
2022-01-03 16:46 0 1863 推荐指数:
1) 安装 bedtools 提供了3种安装方式 从google code 下载源代码进行安装 利用系统中的包管理工具进行安装, 比如cnetos 下的yum, ubuntu下的apt-get, mac 下的homebrew 从github下载源代码,进行安装 由于访问 ...
1、下载安装bedtools; 2、生成bed文件;标准的bed文件格式如下: 如果你只有染色体、起始位置和终止位置信息的话,也无大碍。不大标准但是不伤大雅的bed文件格式如下: 3、提取多个位置的vcf文件; ...
Weka是用Java编写的数据挖掘工具,如果要在Python中调用Weka,需要用到Jython。Jython是100%用Java实现的Python,可以无缝的嵌入到Java平台当中。 前期准备: 1. 安装JDK,Jython 2. 将Jython的执行路径加入到$PATH ...
参考原文 廖雪峰Python教程 使用SQLite SQLite是一种嵌入式数据库,它的数据库就是一个文件。由于SQLite本身是用C写的,而且体积很小,所以经常被集成到各种应用程序中,甚至在IOS和Android的APP中都可以集成。 Python中内置了SQLite3,连接 ...
python中使用多继承,会涉及到查找顺序(MRO)、重复调用(钻石继承,也叫菱形继承问题)等 MRO MRO即method resolution order,用于判断子类调用的属性来自于哪个父类。在Python2.3之前,MRO是基于深度优先算法的,自2.3开始使用C3算法,定义类 ...
使用pyimagej这个包来在python中使用Fiji的相关插件。 Install 我是在conda的虚拟环境里用pip3 install pyimagej来安装的。但是运行的时候又如下报错: jgo.jgo.ExecutableNotFound: mvn not found 直接把问题投 ...
在服务器和客户端的数据交互的时候,要找到一种数据格式,服务端好处理,客户端也好处理,这种数据格式应该是一种统一的标准,不管在哪里端处理起来都是统一的,现在这种数据格式非常的多,比如最早的xml,再后来 ...
使用方法如下 在process.py脚本处理Hive表中的NULL数据时,需要注意一下。 ...