Analysis 思路: 使用预定义的基因集(通常来自功能注释或先前实验的结果),将基因按照在两类样本中的差 ...
前言 在生物信息学数据分析中,许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY Gene Set Enrichment Analysis in Python GSEApy is a python wrapper forGESAandEnrichr. It s used for convenient GO enrichments an ...
2021-12-27 18:21 0 2524 推荐指数:
Analysis 思路: 使用预定义的基因集(通常来自功能注释或先前实验的结果),将基因按照在两类样本中的差 ...
的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧)。 普通的转录组套路并不多,差异表达基因、富集分析、WGC ...
)和细胞定位(cellular component)三个面对基因功能进行全面定义。 基因本体论,用于蛋 ...
的基因集富集结果。主要是通过将基因在不同样品间的表达量矩阵转化成基因集在样品间的表达量矩阵,从而来评估不 ...
最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways ...
image Gene Set Enrichm ...
。 换个思路,如果做富集分析,那就稳了,给定一个指定的区域(promoter或enhancer区域),根 ...
1、安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db ...