原文:利用GEMMA进行GWAS分析

软件下载,下载地址:https: github.com genetics statistics GEMMA releases 下载过程: 调用测试 测试数据下载,地址:https: github.com genetics statistics GEMMA releases 剔除没有表型记录的数据,gemma只分析有表型记录的数据 质控 计算kinship矩阵 将kinship文件移动至当前目录 ...

2021-12-25 22:50 0 1707 推荐指数:

查看详情

post-GWAS:使用coloc进行共定位分析(Colocalization)

GWAS找到显著信号位点后,需要解释显著信号位点如何影响表型。 常见的一个解释方法是共定位分析。 主流的共定位分析包括: 1)GWAS和eQTL共定位; 2)GWAS和sQTL共定位; 3)GWAS和meQTL共定位; 4)GWAS和pQTL共定位; 其中,GWAS ...

Sat Jul 24 04:03:00 CST 2021 0 274
GWAS群体分层 (Population stratification):利用plink对基因型进行PCA

一、为什么要做祖先成分的PCA? GWAS研究时经常碰到群体分层的现象,即该群体的祖先来源多样性,我们知道的,不同群体SNP频率不一样,导致后面做关联分析的时候可能出现假阳性位点(不一定是显著信号位点与该表型有关,可能是与群体SNP频率差异有关),因此我们需要在关联分析前对该群体做PCA分析 ...

Thu Mar 07 01:07:00 CST 2019 0 2575
GWAS分析基本流程及分析思路

数据预处理(DNA genotyping、Quality control、Imputation) QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成 2. 表型数据统计分析 ...

Mon Dec 17 18:02:00 CST 2018 7 12425
GWAS条件分析(conditional analysis)

一、为什么要做GWAS的条件分析(conditional analysis) 我们做GWAS的时候,经常扫出一堆显著的信号,假设rs121是我们扫出来与某表型最显著相关的位点(P=1.351e-36),rs124尾随其后(6.673e-22),也是与该表型显著相关,那么这个时候,我们就有问题 ...

Thu Jan 17 03:20:00 CST 2019 0 1302
如何利用Matlab进行ROC分析

ROC曲线基本知识: 判断分类器的工作效率需要使用召回率和准确率两个变量。 召回率:Recall,又称“查全率”, 准确率:Precision,又称“精度”、“正确率”。 以判断病人是否 ...

Tue Dec 06 01:20:00 CST 2016 0 3719
GWAS全基因组关联分析

出处:bilibili 关联分析(Association):在交易数据、关系数据或其他信息载体中 ...

Sun Jun 13 23:55:00 CST 2021 0 4672
GWAS后续分析:LocusZoom图的绘制

LocusZoom图几乎是GWAS文章的必备图形之一,其主要作用是可以快速可视化GWAS找出来的信号在基因组的具体信息:比如周围有没有高度连锁的位点,高度连锁的位点是否也显著。 下面是locuszoom的示例图: 下面具体讲讲如何实现Locuszoom的绘制 1、进入Locuszoom ...

Tue Mar 26 00:13:00 CST 2019 7 1943
plink 阈性状(质量性状)GWAS分析

plink进行阈性状(质量性状)关联分析有两种方法 --assoc 和 --logistic, 这两种方法又分别有分是否校正: --assoc --adjust 和 --logistic --adjust --logistic方法有可以选择是否添加协变量: --logistic ...

Sat Dec 18 07:47:00 CST 2021 0 1692
 
粤ICP备18138465号  © 2018-2025 CODEPRJ.COM