对于pathway 数据库而言,我们最常见的就是利用KEGG 富集分析挖掘其中的信息,得到显著富集的几条通路; 对于代谢通路而言,不同的通路之间是会有相互关系的,比如在上游的通路中产生的代谢产物,进入下游的通路继续发挥作用。 pathway和pathway 之间存在一个上下游的关系,所有 ...
IPA做得不错,但是收费,这里分析一下这个软件是怎么设计的,有哪些核心的数据和分析模块。 软件链接:QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis QIAGEN IPA 软件价格: 万美金 年,一个普通的研究所 学院,每年发 篇 分以上的paper,那每篇的成本就是 万人民币,太贵了。 国内目前也就 家买了,那每年的营收大概就是 万美金,全球x ,那就是一年 万美金的营收。 宣 ...
2021-12-23 12:31 0 3451 推荐指数:
对于pathway 数据库而言,我们最常见的就是利用KEGG 富集分析挖掘其中的信息,得到显著富集的几条通路; 对于代谢通路而言,不同的通路之间是会有相互关系的,比如在上游的通路中产生的代谢产物,进入下游的通路继续发挥作用。 pathway和pathway 之间存在一个上下游的关系,所有 ...
本文是针对南京大学《软件分析》谭添老师的视频课的课堂笔记。 1.Motivation 此前我们讨论的问题都是过程内的,也就是不涉及到方法调用。然而实际程序中方法调用屡见不鲜,继续采用之前的分析方法会丢失精度,这也就是为什么我们需要过程(间)分析。二者的区别如下: 过程内分析 ...
data.tsv > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t") > library(ggplot2) > p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,Pathway)) > ...
目录: overview download quick start 【Overview】 MAGMA是一个用于GWAS数据分析的软件,首次发表于文章: de Leeuw C, Mooij J, Heskes T, Posthuma D (2015 ...
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分 ...
pacbio 公司把三代测序常用软件整合起来,做成了一个在线的分析软件,类似于galaxy; 安装过程如下,参考官网给的指导手册 http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09 ...
分析工具 1、叠加分析 2、提取分析 3、统计分析 4、领域分析 ...
一、生存分析(survival analysis)的定义 生存分析:对一个或多个非负随机变量进行统计推断,研究生存现象和响应时间数据及其统计规律的一门学科。 生存分析:既考虑结果又考虑生存时间的一种统计方法,并可充分利用截尾数据所提供的不完全信息,对生存时间的分布特征进行描述,对影响生存 ...