原文:从NCBI中下载各物种参考基因组

. 打开NCBI . 输入物种名,以HPV为例: 搜索,到genomes分栏下面选择Assembly点击进去 . 进去下面的界面,再点击RefSeq进入下载界面 . 进入下载界面: HPV参考基因组下载界面:https: ftp.ncbi.nlm.nih.gov genomes all GCF GCF . ViralProj . 进行下载,gtf与gff是注释文件,根据自己的需要开始下载文件即可 ...

2021-12-07 15:23 0 5616 推荐指数:

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如何从NCBI下载基因组数据

本文关于如何在 NCBI 的 FTP 里下载需要的基因组数据。 已知信息 例如:我从文献里看到作者测了 Escherichia coli ATCC 25922 的基因组,想从NCBI下载。 原文提供的信息是: This Whole Genome Shotgun ...

Fri Nov 24 17:59:00 CST 2017 0 9524
如何到NCBI提交基因组

1 步骤和说明 NCBI官方说明 点此处打开提交基因组页面 以下例子:纯菌的基因组草图用于新菌鉴定。 1.1 提交基因组数据到 NCBI 需要什么? .fsa 格式的基因组数据; fsa 就是用公司返回的 .sqn 的数据改为 .fsa 后缀,里面是 fasta格式 ...

Thu Mar 29 22:38:00 CST 2018 0 6181
参考基因组

参考基因组版本命名参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考基因组。人基因组官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
五个网站查物种基因组大小

动物基因组大小(需翻墙) 植物已测序的基因组大小 真菌基因组大小 原核生物基因组大小 5.NCBI怎么缺呢 注:若如,可要查近源种 ...

Wed Jun 12 01:00:00 CST 2019 0 538
参考基因组及注释文件下载

从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件 0.人类基因组版本对应关系 NCBI Ensembl UCSC GRCh36 release_52 hg18 ...

Fri Sep 21 00:44:00 CST 2018 0 11029
转录入门(4):了解参考基因组基因注释

任务列表 1.在UCSC下载hg19参考基因组; 2.从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截图几个基因的IGV可视化结构 4.下载ENSEMBL,NCBI的gtf,也导入IGV看看,截图 ...

Fri Aug 11 09:00:00 CST 2017 0 6094
 
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