原文:mafft+phylosuite+raxml

构建系统发育树 有参考 Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution 最后决定用mafft phylosuite raxml 首先需要将序列进行比对 在这里使用mafft 下载phylosuite主要用来提取保守序列 配着这三处设置即可得到提取好的序列 之后将fasta转化成phyl ...

2021-11-29 22:05 0 1142 推荐指数:

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RAxML安装

1.下载解压 $ wget https://codeload.github.com/stamatak/standard-RAxML/zip/master -O standard-RAxML-master.zip $ unzip standard-RAxML-master.zip $ cd ...

Fri Dec 14 08:32:00 CST 2018 0 977
MAFFT 进行多序列比对

简介 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多,有文献报道:比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee),比对准确性(MAFFT>Muscle>T-Coffee> ...

Mon Dec 30 03:01:00 CST 2019 0 2962
使用RAxML做Maximum likelihood 进化树

没有授权禁止转载 话说ML进化树如果要进行高bootstrap值的验证的话对于计算能力要求是很高的。不并行做基本不可能。 所以下了一个RAxML,在linux下有好几种编译方式,看了一下手上的机器支持AVX指令集,所以选择AVX-MPI方式吧。 先安装openmpi,照网上教程编译就行 ...

Mon Jan 04 03:32:00 CST 2016 0 4650
MAFFT多重序列比对--(附比对彩标方法)

[转记]MAFFT多重序列比对图解教程 【絮语】   一提到多重序列比对,很多人禁不住就想到ClustalW(Clustalx为ClustalW的GUI版),其实有一款多重序列比对软件-MAFFT,不论从比对速度(Muscle>MAFFT ...

Sun Jun 21 21:34:00 CST 2015 0 16209
 
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