原文:宏基因组分箱软件metaWRAP报错记录与解决方法

最近学习微生物宏基因组分箱 binning ,按官方文档安装metaWRAP,踩了一堆坑,记录一下报错及解决方法: . metaWRAP安装 安装教程及下载地址:GitHub bxlab metaWRAP: MetaWRAP a flexible pipeline for genome resolved metagenomic data analysis 作者推荐使用Conda Mamba安装,不 ...

2021-11-28 18:14 0 2123 推荐指数:

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比较基因组分

1. 基因家族聚类 基因家族是来源于同一个祖先,由一个基因通过基因重复和物种分歧而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因,它们在结构和功能上具有明显的相似性,编码相似的蛋白质产物,同一家族基因可以紧密排列在一起,形成一个基因簇,但多数时候,它们是分散在同一染色体的不同位置,或者存在于不同的染色体 ...

Sat Mar 24 21:05:00 CST 2018 2 8163
宏基因组测序及分析

宏基因组测序: 浓度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA两次需要量>=3ug 宏基因组测序需要提供什么样品要求? (1)提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物,OD值在1.8 ...

Wed Aug 02 05:39:00 CST 2017 0 1129
基因组分析方案

目录 一、研究内容 1.比较基因组分析 2. 核心基因/非必需基因分析 泛基因组大小模拟 核心基因/非必需基因功能富集 核心基因/非必需基因保守性分析 核心基因/非必需基因与重复序列相关性 ...

Fri Jul 23 07:30:00 CST 2021 0 279
在物种水平上的宏基因组比对分析流程

文章链接:http://biorxiv.org/content/early/2016/10/15/081141 作者:Yee Voan Teo, Nicola Neretti 时间:2016.10.15 摘要: 许多宏基因组分类工具在宏基因组学领域 ...

Sun Nov 20 19:26:00 CST 2016 0 1550
MetaPhlAn 2:宏基因组进化分析

描述 MetaPhlAn是分析从物种水平分辨率宏基因组鸟枪法测序数据的微生物群落(细菌,古细菌,真核细胞和病毒)的组成的计算工具。从版本2.0,MetaPhlAn还能够确定具体的菌株(在将样品含有先前测序的菌株的不那么频繁的情况下),并跟踪跨越样品菌株的所有物种。 MetaPhlAn 2依靠 ...

Thu Nov 17 18:20:00 CST 2016 0 1768
16S测序和宏基因组测序的区别

https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ http://www.sohu.com/a/146620511_769248 宏基因组测序(MetagenomicsSequencing)是对环境样品中全部微生物的总DNA(也称宏基因组 ...

Mon Feb 03 06:18:00 CST 2020 0 2809
扩增子、宏基因组测序问题集锦

扩增子常见问题 01 实验室检测的DNA浓度很高,送到公司检测之后浓度却比较低呢? 1、老师在实验室多采用Nanodrop对DNA浓度进行检测,而在公司我们会结合Qubit、Nanodrop、琼脂糖电泳三种方法检测DNA样品的质量 ...

Thu Aug 03 08:13:00 CST 2017 0 3044
宏基因组】MEGAN4,MEGAN5和MEGAN6的Linux安装和使用

MEGAN(Metagenome Analyzer)是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件,实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因,我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差别较大,尤其在命令行模式下。网上 ...

Mon Oct 28 18:05:00 CST 2019 0 382
 
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