原文:TCGA 数据下载分析利器 —— TCGAbiolinks(二)临床数据下载

TCGA 数据下载分析利器 TCGAbiolinks 二 临床数据下载 名本无名 人赞同了该文章 获取临床信息 TCGAbiolinks还提供了一些用于查询 下载和解析临床数据的函数,GDC数据库中的包含多种不同的临床信息,主要包括: indexed clinical: 使用XML文件创建的精炼临床数据 XML: 原始临床数据 BCR Biotab: 解析XML文件之后的tsv文件 indexe ...

2021-11-23 11:38 0 1234 推荐指数:

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TCGA下载神器--TCGAbiolinks

http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/tcgaBiolinks.html#gdcquery:_searching_tcga_open-access_data 举例 ...

Sat Dec 16 01:16:00 CST 2017 0 981
ggalluvial|TCGA临床数据绘制桑基图(Sankey)

本文首发于”生信补给站“,https://mp.weixin.qq.com/s/yhMgkST-rVD6SaQS7R-eoA 桑基图(Sankey diagram),是一种特定类型的流程图,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析 ...

Wed Sep 11 07:25:00 CST 2019 0 1496
TCGA数据库官网下载数据

TCGA数据库 是 生物信息分析经常需要用到的数据库,今天学习了一下怎么在其官网上下载数据集 以下以下载肾上腺皮质癌患者的miRNA表达数据为例,来讲解具体的过程 第一步,打开TCGA网址:https://portal.gdc.cancer.gov 第二步,点击导航栏最右 ...

Tue Mar 16 23:52:00 CST 2021 0 281
利用tcga数据做生存分析

####teach code####library(survival)#read expression data and modify its class and colnames/rownames #PAAD_gene_expression.csv数据已经经过Z_转换的数据。 z_rna ...

Thu Jan 12 18:30:00 CST 2017 1 5606
TCGA简易下载工具 SangerBox

下载地址:http://sangerbox.com/ https://shengxin.ren/article/208 Understanding TCGA mRNA Level3 analysis results files from FireBrowse ...

Tue Jul 30 06:52:00 CST 2019 0 1150
TCGA数据挖掘 | 免疫细胞浸润分析

问题: 什么是免疫细胞浸润? 肿瘤组织里都有哪些细胞?有哪些免疫细胞? 免疫细胞浸润分析的基本原理?相关性 bulk RNA-seq拆分scRNA-seq的原理 免疫浸润评估常用的工具 什么是免疫浸润细胞? 肿瘤浸润淋巴细胞(英语 ...

Tue Feb 08 02:42:00 CST 2022 0 2987
 
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