使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析
仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量，则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的。 可以看到，单纯用bowtie2建的索引和rsem调用bowtie2建的索引 ...
原文：rsem对转录本进行定量
最近在研究转录本，现在在下载数据，想起来自己有一个博客，就暂且来这里更新一下内容。 要想对转录本进行定量，首先需要下载它的转录组数据，将别人上传的SRR文件的名字整理在wheat.txt中，引用 下载后通过sratoolkits将sra数据转化成fq格式 split 将sra数据的双端拆分成两个文件,原来单端并不会保存成两个文件。gzip将其压缩 O为输出文件夹 刚才用了一些fasterq dum ...
2021-11-14 20:48 0 808 推荐指数：
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FPKM，RPKM，TPM和RSEM
详细见孟叔的文章。 ...
转录与翻译
gene structure transcription 1.DNA上有转录启动位点和终止位点，RNA聚合酶结合到上面，得到RNA（primary transcript） 2.RNA被切掉内含子，加上5帽子和3尾巴，得到成熟mRNA（RNA-seq研究对象） 3.mRNA到核外，翻译成蛋白 ...
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