data.tsv > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t") > library(ggplot2) ...
excel之富集分析图制作 最终效果: 原始数据: 步骤: .数据处理 . 将PV数据分组,用来创建不同颜色的柱状图图例 数据处理结果: 每类数据一列。将该列其他数据删除后将不显示在图标上。 . 创建辅助列,用于充当折线图的x轴,将折线图改为纵向 term列为文字列,无法充当x轴 辅助列从 . 开始,向下每行加 处理结果: .创建图表 . 选中除辅助列外的所有数据,点击创建图表。选择组合图 . 预 ...
2021-11-30 19:43 0 836 推荐指数:
data.tsv > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t") > library(ggplot2) ...
这期推文的封面是一张富集分析的网络图,来自文献:Single cell RNA sequencing of human liver reveals distinct intrahepatic macrophage populations,算是比较新颖的富集展示方法,是用Cytoscape做的 ...
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参考博客 http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1166293.html 四个参数用于控制坐标轴与作图区域的位置 scale_x_discrete( ...
1.使用clusterProfiler包进行GO富集分析 使用clusterProfiler的enrichGO函数来获取GO分析 可以看到GO富集分析条目一共有769条属于BP,51条属于CC,32条属于MF 2.ggplot2绘制GO分析条目图 1. ...
基因功能的富集分析已成为高通量组学数据分析的常规手段,对于揭示生物医学分子机制具有重要意义。关于GO、KEGG、GSEA等等这些词,网上也有很多教程,教大家怎么做GO分析、怎么做GSEA分析等等。但我们不仅要知其然,还要知其所以然。这里,我找到两篇富集分析的综述,跟大家一起学习一下 ...
GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示)。 富集分析工具 用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析。此服务连接到PANTHER分类系统 ...
一般做完差异分析都会做这一步,目的是找到差异基因富集到的通路,进而与生物学意义联系起来。具体的统计方法很简单,这篇笔记里面的代码可以从零搭建一个富集分析工具。 后台回复20211007获取本文的测试数据和代码,以及(单细胞)转录组分析中可能用到的GO KEGG富集分析代码(这部分本文不演示 ...