原文:R语言|ggplot2| 绘制KEGG气泡图

在 RStudio 中使用 BiocManager 安装包 安装对应版本的 Rtools 详细指导说明 安装连接 安装完成后,使用命令安装 KEGGREST 以及所需要的相关包 包加载 查看KEGG数据库包含的数据 获取单个数据集中的数据 对单个数据库进行组织的选择 如下图所示: 从上面可以看出keggList不仅可以提取单个数据集还可以获取对应物种的信息。在这里我们发现同样的通路编码ID却不一样 ...

2021-11-04 20:47 0 1297 推荐指数:

查看详情

R绘图 第九篇:绘制散点图和气泡ggplot2

绘制散点图(scatterplots)使用geom_point()函数,气泡(bubblechart)也是一个散点图,只不过点的大小由一个变量(size)来控制。散点图潜在的最大问题是过度绘图:当一个位置或相邻的位置上出现有多个点,就可能把点绘制在彼此之上, 这会严重扭曲散点图的视觉外观 ...

Mon Aug 13 20:53:00 CST 2018 0 8492
ggplot2绘制KEGG富集散点图

散点图是 KEGG 富集分析结果的图形化展示方式。在此图中,KEGG 富集程度通过 rich factor, qvalue 和富集到此通路上的基因个数来衡量。其中 rich factor 指差异表达的基因中位于该 pathway 条目的基因数目与所有有注释基因中位于该 pathway 条目的基因 ...

Sun Jan 05 00:37:00 CST 2020 0 6383
R语言 ggplot2 画平滑

library(splines) library(ggplot2) dt1 <- structure(list(Age = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L ...

Fri Jan 20 06:26:00 CST 2017 0 3395
R绘图 第四篇:绘制ggplot2

箱线图通过绘制观测数据的五数总括,即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数以及最大值,描述了变量值的分布情况。箱线图能够显示出离群点(outlier),离群点也叫做异常值,通过箱线图能够很容易识别出数据中的异常值。 箱线图提供了识别异常值的一个标准: 异常值通常被定义为小于 QL ...

Fri Aug 03 04:01:00 CST 2018 0 27394
R绘图 第八篇:绘制ggplot2

geom_bar()函数不仅可以绘制条形,还能绘制,跟绘制条形的区别是坐标系不同,绘制使用的坐标系polar,并且设置theta="y": 条形的高度通常表示两种情况之一:每组中的数据的个数,或数据框中列的值,高度表示的含义是由geom_bar()函数的参数stat ...

Mon Aug 06 17:47:00 CST 2018 0 10341
 
粤ICP备18138465号  © 2018-2025 CODEPRJ.COM