原文:【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现,只需两步,啥图都有

. 起因 之前的代码 单细胞分析实录 : 非负矩阵分解 NMF 代码演示 没有涉及到python语法,只有 个python命令行,就跟Linux下面的ls grep一样的。然鹅,有几个小伙伴不会命令行,所以我决定再改写一下,把命令行都放到R下面运行。 . 尝试 . 一开始,我的想法是教大家在R里面调用python,需要提前下载好anaconda和一些python包 然而想了想在Windows上安 ...

2021-11-04 14:51 0 214 推荐指数:

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单细胞分析实录(17): 矩阵分解(NMF)代码演示

本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供处理 ...

Sat Jul 24 01:27:00 CST 2021 0 151
单细胞分析实录(16): 矩阵分解(NMF)检测细胞异质性

相信做过肿瘤单细胞的小伙伴对这个分析并不陌生,如果多读几篇文献,就能在CNS以及大子刊上面看到这个分析矩阵分解(Nonnegative Matrix Factorization,NMF)是在矩阵中所有元素均为负数约束条件之下的矩阵分解方法。 基本思想:给定一个矩阵V, NMF ...

Sat Jun 26 04:14:00 CST 2021 0 216
矩阵分解NMF)原理及算法实现

一、矩阵分解回想 矩阵分解是指将一个矩阵分解个或者多个矩阵的乘积。对于上述的用户-商品(评分矩阵),记为能够将其分解个或者多个矩阵的乘积,如果分解矩阵和 。我们要使得矩阵和 的乘积能够还原原始的矩阵 当中,矩阵表示的是m个用户于k个主题之间的关系,而矩阵表示的是k个主题与n ...

Fri Jul 27 01:23:00 CST 2018 4 5652
推荐算法——矩阵分解(NMF)

一、矩阵分解回想 在博文推荐算法——基于矩阵分解的推荐算法中,提到了将用户-商品矩阵进行分解。从而实现对未打分项进行打分。 矩阵分解是指将一个矩阵分解个或者多个矩阵的乘积。对于上述的用户-商品矩阵(评分矩阵),记为 Vm×n 。能够将其分解 ...

Thu Aug 10 16:02:00 CST 2017 1 8958
文本主题模型之矩阵分解(NMF)

    在文本主题模型之潜在语义索引(LSI)中,我们讲到LSI主题模型使用了奇异值分解,面临着高维度计算量太大的问题。这里我们就介绍另一种基于矩阵分解的主题模型:矩阵分解(NMF),它同样使用了矩阵分解,但是计算量和处理速度则比LSI快,它是怎么做到的呢? 1. 矩阵分解(NMF)概述 ...

Fri May 05 22:19:00 CST 2017 13 18336
 
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