原文:【代码更新】单细胞分析实录(20): 将多个样本的CNV定位到染色体臂,并画热图

之前写过三篇和CNV相关的帖子,如果你做肿瘤单细胞转录组,大概率看过: 单细胞分析实录 : inferCNV的基本用法 单细胞分析实录 : 如何推断肿瘤细胞 单细胞分析实录 : inferCNV结合UPhyloplot 分析肿瘤进化 其中,第三篇帖子里面有两个注释代码,可以在基因和染色体长短臂两个层面对CNV做注释 这次对tree anno.R代码做了更新,简单来说就是对原始CNV region的 ...

2021-10-30 13:16 0 183 推荐指数:

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基因染色体定位

1.基因染色体定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一个 文件准备: ①染色体长度信息 ②基因位置信息 #①:染色体长度文件 用基因组序列提取每条染色体的长度信息,结果是NC_开头的基因组编号,不是染色体号 记录 ...

Fri Dec 10 18:58:00 CST 2021 0 4019
细胞染色体,DNA与基因的关系

资料来源: 细胞染色体、DNA和基因的关系 细胞核中包含染色体,人体共有23对染色体(22+XY/XX),染色体由DNA组成,DNA是由互补碱基对组成的双螺旋结构,DNA链中只有一部分信息可以编码为蛋白质,这些蛋白质是构成细胞和组织最小的组成成分,这些有效编码的部分称为gene,而不能有效编码 ...

Wed Jun 24 23:40:00 CST 2020 0 2646
单细胞转录组CNV分析

什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of a particular gene varies from one individual ...

Fri May 07 22:49:00 CST 2021 0 210
单细胞分析实录(4): doublet检测

最近Cell Systems杂志发表了一篇针对现有几种检测单细胞测序doublet的工具的评估文章,系统比较了常见的例如Scrublet、DoubletFinder等工具在检测准确性、计算效率等方面的优劣,以及比较了使用不同方法去除doublet后对下游DE分析、轨迹分析的影响。 现有的检测 ...

Thu Dec 31 20:41:00 CST 2020 0 351
对性染色体进行关联分析

欢迎来到"bio生物信息"的世界 1 前言 早期的研究普遍只做常染色体的全基因组关联分析,很少做性染色体的。 主要原因是性染色体的遗传模式比较复杂,存在X染色体失活,而且男女效应值不大一样。 其次,也不是所有的表型都是男女有差异的。 再然后,也没有很好的工具计算性染色体的关联分析 ...

Tue Nov 19 04:26:00 CST 2019 0 297
单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing

这是一个新系列 差不多是一年以前,我定导后没多久,接手了读研后的第一个课题。合作方是医院,和我对接的是一名博一的医学生,最开始两边的老师很排斥常规的单细胞文章思路,即各大类细胞分群、注释、描述,所以起初的几个月都在摸索一条主线,再后来有主线了,要加实验验证,周期有点长。我这边的分析基本做完 ...

Mon Dec 28 22:10:00 CST 2020 0 401
单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始Seurat标准流程的学习。这一部分的内容,网上有很多帖子,基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍,这回我换一个数据集,细胞类型更多,同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧 ...

Wed Jan 06 07:43:00 CST 2021 1 2692
 
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