原文:VMD可视化hdf5格式的分子坐标文件

技术背景 VMD是分子动力学模拟领域常用的一款可视化软件,可以非常直观方便的展示分子的运动过程。而VMD本身对展现的格式有一定的要求,如果不是常见的rst等类型的坐标文件的话,就需要自己手动去实现一个可视化的插件。这里我们介绍的是通过VMD来可视化hdf 格式的坐标文件 hdf 是量子化学领域非常常用的一个数据格式,对于规模较大的数据集有很好的性能支持。 安装hdf 插件 这里本地使用的是Ubun ...

2021-10-26 17:40 0 280 推荐指数:

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用python读写HDF5格式文件

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Fri Dec 03 02:52:00 CST 2021 0 1038
如何手动解析Keras等框架保存的HDF5格式的权重文件

问题 在使用Keras保存为h5或者hdf5格式的模型权重文件后,一般采用keras.models.load_model()恢复模型结构和权重,或者采用model.load_weights()导入权重。 但是,在进行迁移学习或者模型输出nan或inf时,需要手动导入部分权重进行查看或者修改 ...

Fri Nov 06 00:39:00 CST 2020 0 376
当你的数据集是hdf5格式文件时,肿么办?

最近,自己构建了一个卷积神经网络,从网上下载到的数据集是hdf5格式的,希望用这个数据集来训练一下自己构建的这个神经网络。 1. 什么是hdf5HDF5是二进制数据格式,用于在磁盘上存储巨大的数值数据集(数据太大无法存储在内存中),同时便于对数据集的行进行遍历和计算。HDF5中 ...

Wed May 27 00:24:00 CST 2020 0 1197
HDF5 文件格式简介

三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了,而是换成了hdf5 格式,在做三代数据的分析之前,有必要先搞清楚hdf5 这种文件格式; 官网的链接如下:https://support.hdfgroup.org/HDF5/ HDF5 是一种灵活的文件储存格式,它相对其他的文件格式,肯定是 ...

Fri May 26 19:38:00 CST 2017 0 3650
分子指纹相似度的可视化

rdkit有一个很炫酷的功能,那就是能可视化显示两个分子的相似性。 以下面两个分子为例: 计算相似度 将相似度映射到分子图像 结果如下: ...

Wed Jan 20 22:32:00 CST 2021 1 346
python读写hdf5及cdf格式文件

Python write and read hdf5 file http://stackoverflow.com/questions/20928136/input-and-output-numpy-arrays-to-h5py http://docs.h5py.org/en/latest ...

Tue Mar 07 04:19:00 CST 2017 0 3185
pandas HDF5与EXCEL文件

一、HDF5 HDF5是一个备受好评的文件格式,广泛用于存储大量的科学计算数组。很多数据分析的实际工作中困难都在于I/O密集,而不是CPU密集,使用HDF5这样的工具可以大大加速你的应用。它以C库的形式提供,并且具有许多其它语言的接口,包括Java、MATLAB和Python。HDF5中的HDF ...

Thu Apr 16 17:21:00 CST 2020 0 579
 
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