VMD-水溶液中注入离子
VMD中默认中性溶液不添加任何离子，故以下操作可加入指定数目的离子。 1.建水盒子：VMD-Extensions-Modeling-Add Solvation Box 2.填写水盒子参数：如下 3. 加入离子：完成第二步建成水盒子后，会自动生成solvate.pdb ...
原文：amber模拟kcl水溶液
最近刚开始学习amber软件，看网上的教程勉强知道怎么操作这个amber了。就暂时跑了个分子动力学，其他的啥也没处理。先把我的操作过程记录下来吧，免得日后忘记。其实和其他的分子动力学软件的操作大同小异，主要都是构建结构和力场输入文件的时候麻烦。我这里使用的是Linux系统的amber 版本的软件，其他版本的我不知道是不是一样的。 一 构建kcl.pdb结构 打开GaussView构建结构，其实很 ...
2021-10-07 21:54 0 123 推荐指数：
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